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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zgq | ||||||
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タイトル | AceL NrdHF class 3 split intein GSH linked splice inactive variant - C124A, N146A | ||||||
要素 | AceL NrdHF-1-1 Intein | ||||||
キーワード | SPLICING | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | metagenome (メタゲノミクス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hoffmann, S. / Mootz, H.D. / Kuemmel, D. / Singh, R. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021 タイトル: Biochemical and Structural Characterization of an Unusual and Naturally Split Class 3 Intein. 著者: Hoffmann, S. / Terhorst, T.M.E. / Singh, R.K. / Kummel, D. / Pietrokovski, S. / Mootz, H.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zgq.cif.gz | 143.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zgq.ent.gz | 113.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zgq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18591.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノミクス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 % |
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結晶化 | 温度: 305 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350 25 %, Glycerol 20 %, 0.1 M MIB |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.5498 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5498 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→41.96 Å / Num. obs: 20988 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 72086 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.883 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 291.7 Å2 / Biso mean: 15.512 Å2 / Biso min: 4.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→41.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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