PDB-6zed: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zed

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound F1

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

CELL CYCLE / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 ISOFORM LONG / BRD4 / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 / CAP / HUNK1 / MCAP / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Krojer, T. / Martinez-Cartro, M. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Barril, X. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound F1
著者: Martinez-Cartro, M. / Barril, X.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zed.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zed.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zed_validation.pdf.gz	735 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zed_full_validation.pdf.gz	735 KB	表示
XML形式データ	6zed_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	6zed_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zed	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mxfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4men-d 5wma-d 6prt-d 6uvm-d 5o97-d 6tpz-d 3svf-d 4uyd-d 5oww-2 6swq-d 3svg-d 4c67-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.730, 43.990, 78.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-QGN / 4,5-dimethyl-1~{H}-pyrazolo[3,4-c]pyridazin-3-amine 分子量: 163.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 20% PEG3350, 0.2M sodium fluoride, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→38.353 Å / Num. obs: 52386 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / Num. unique obs: 2148 / CC_1/2: 0.981

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3MXF

3mxf

解像度: 1.08→38.352 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 0.655 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1433	2621	5.008 %
R_work	0.1232	49712	-
all	0.124	-	-
obs	-	52333	92.585 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.386 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.153 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.827 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→38.352 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1049	0	20	217	1286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.665	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.593	1.572	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.889	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.939	25.636	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.21	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.994	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.809	0.772	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.801	0.768	521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.134	1.162	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.135	1.166	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.696	0.975	604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.694	0.976	605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.863	1.394	881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.862	1.396	882
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.539	10.667	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.492	10.572	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.386	3	2149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.108	0.142	164	0.116	3094	X-RAY DIFFRACTION	79.1161
1.108-1.138	0.138	162	0.108	3199	X-RAY DIFFRACTION	83.6902
1.138-1.171	0.139	172	0.105	3198	X-RAY DIFFRACTION	86.2334
1.171-1.207	0.124	163	0.101	3235	X-RAY DIFFRACTION	89.5153
1.207-1.247	0.147	189	0.1	3256	X-RAY DIFFRACTION	93.2341
1.247-1.291	0.121	171	0.093	3171	X-RAY DIFFRACTION	93.5872
1.291-1.339	0.127	154	0.098	3089	X-RAY DIFFRACTION	94.2185
1.339-1.394	0.133	150	0.093	3013	X-RAY DIFFRACTION	94.871
1.394-1.456	0.139	186	0.099	2852	X-RAY DIFFRACTION	94.9672
1.456-1.527	0.124	133	0.1	2784	X-RAY DIFFRACTION	94.9544
1.527-1.609	0.119	127	0.094	2647	X-RAY DIFFRACTION	95.8535
1.609-1.707	0.132	135	0.106	2547	X-RAY DIFFRACTION	96.3708
1.707-1.824	0.135	113	0.113	2385	X-RAY DIFFRACTION	96.4851
1.824-1.97	0.14	124	0.12	2246	X-RAY DIFFRACTION	97.3706
1.97-2.158	0.151	99	0.127	2104	X-RAY DIFFRACTION	97.7374
2.158-2.411	0.15	104	0.135	1898	X-RAY DIFFRACTION	97.4209
2.411-2.783	0.176	87	0.142	1694	X-RAY DIFFRACTION	97.6425
2.783-3.404	0.157	79	0.154	1460	X-RAY DIFFRACTION	98.4015
4.795-38.352	0.166	38	0.202	690	X-RAY DIFFRACTION	98.1132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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