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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zea | ||||||
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タイトル | Strictosidine Synthase from Catharanthus roseus in complex with racemic 1-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline | ||||||
要素 | Strictosidine synthase | ||||||
キーワード | LYASE / C-C bond / alkaloid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Catharanthus roseus (ニチニチカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Eger, E. / Sharma, M. / Kroutil, W. / Grogan, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Strictosidine Synthase from Catharanthus roseus in complex with racemic 1-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline 著者: Eger, E. / Sharma, M. / Kroutil, W. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zea.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zea.ent.gz | 59.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zea.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zea_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zea_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zea_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zea_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zea | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6s5mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35760.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ) 遺伝子: STR1, SSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18417, strictosidine synthase | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-QGH / ( | #4: 化合物 | ChemComp-QGK / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium chloride, HEPES pH 7.0, 20% PEG 6000 (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→43.47 Å / Num. obs: 51780 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3756 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6S5M 解像度: 1.54→43.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.069 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.62 Å2 / Biso mean: 34.283 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→43.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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