PDB-6zb2: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK549

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zb2

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK549

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.282 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Optimization of a Novel, Weak Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Bromodomain Fragment Ligand to a Potent and Selective Second Bromodomain (BD2) Inhibitor.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Copley, R.C.B. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Lindon, M. / Messenger, C. ...

履歴

登録	2020年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zb2.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zb2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zb2_validation.pdf.gz	792.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zb2_full_validation.pdf.gz	792.8 KB	表示
XML形式データ	6zb2_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	6zb2_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zb0C 6zb1C 6zb3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z7f-d 4mr6-d 6swp-d 6z8p-d 5xhe-d 6c7q-d 6ffe-d 4z93-d 7nq7-d 7nq5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.017, 52.327, 32.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-QD5 / ~{N}5-cyclopropyl-1-(1~{H}-indol-4-ylmethyl)-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-pyridine-3,5-dicarboxamide 分子量: 364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→42.33 Å / Num. obs: 5759 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2.28→42.33 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 13.8 / Num. unique obs: 1993 / CC_1/2: 0.943 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 2.282→42.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 11.117 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	258	4.565 %
R_work	0.1393	5394	-
all	0.143	-	-
obs	-	5652	96.106 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.282→42.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	928	0	46	166	1140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.677	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	1.622	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.56	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.606	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.986	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.525	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.272	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.946	2.55	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.909	2.539	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.183	5.694	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.181	5.711	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.609	3.054	561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.607	3.056	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.296	6.514	790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.293	6.518	791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.019	24.01	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.016	24.027	1239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.282-2.341	0.218	24	0.138	382	X-RAY DIFFRACTION	98.0676
2.341-2.405	0.393	21	0.14	383	X-RAY DIFFRACTION	98.2968
2.405-2.475	0.199	18	0.136	378	X-RAY DIFFRACTION	97.2973
2.475-2.551	0.22	14	0.126	358	X-RAY DIFFRACTION	97.8947
2.551-2.634	0.236	13	0.119	365	X-RAY DIFFRACTION	98.1818
2.634-2.726	0.146	14	0.1	337	X-RAY DIFFRACTION	96.9613
2.726-2.828	0.29	18	0.11	325	X-RAY DIFFRACTION	98.2808
2.828-2.943	0.122	21	0.123	320	X-RAY DIFFRACTION	96.3277
2.943-3.074	0.225	16	0.13	313	X-RAY DIFFRACTION	98.503
3.074-3.223	0.339	6	0.144	296	X-RAY DIFFRACTION	96.1783
3.223-3.396	0.178	13	0.131	276	X-RAY DIFFRACTION	96.6555
3.396-3.601	0.248	12	0.141	271	X-RAY DIFFRACTION	96.2585
3.601-3.847	0.241	8	0.128	251	X-RAY DIFFRACTION	97.0037
3.847-4.153	0.448	12	0.134	233	X-RAY DIFFRACTION	96.4567
4.153-4.544	0.17	7	0.14	230	X-RAY DIFFRACTION	98.3402
4.544-5.074	0.229	12	0.154	199	X-RAY DIFFRACTION	97.235
5.074-5.845	0.228	12	0.192	168	X-RAY DIFFRACTION	92.7835
5.845-7.124	0.471	8	0.204	138	X-RAY DIFFRACTION	86.9048
7.124-9.935	0.172	5	0.126	116	X-RAY DIFFRACTION	82.8767
9.935-42.332	0.264	4	0.249	55	X-RAY DIFFRACTION	64.8352

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.9643 Å / Origin y: 10.0222 Å / Origin z: 0.5811 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.013 Å²	-0.0002 Å²	-0.0037 Å²	-	0.0104 Å²	0.0047 Å²	-	-	0.0089 Å²
L	0.7733 °²	0.0974 °²	0.2757 °²	-	0.2659 °²	0.0534 °²	-	-	0.1036 °²
S	0.0379 Å °	0.0197 Å °	0.0457 Å °	0.0041 Å °	-0.0479 Å °	-0.011 Å °	0.0202 Å °	0.0028 Å °	0.01 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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