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- PDB-6zaa: PI3K Delta in complex with methoxy(methylsulfamoyl)pyridinylN(met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zaa
タイトルPI3K Delta in complex with methoxy(methylsulfamoyl)pyridinylN(methylpiperidinyl)dihydrobenzoxazinecarboxamide
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE / Macrocycle / PI3K Delta / Thermodynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell homeostasis / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / kinase activity / adaptive immune response / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QD2 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Convery, M.A. / Hardy, C.J. / Spencer, J.A. / Rowland, P.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Design and Development of a Macrocyclic Series Targeting Phosphoinositide 3-Kinase delta.
著者: Spencer, J.A. / Baldwin, I.R. / Barton, N. / Chung, C.W. / Convery, M.A. / Edwards, C.D. / Jamieson, C. / Mallett, D.N. / Rowedder, J.E. / Rowland, P. / Thomas, D.A. / Hardy, C.J.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _software.name
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2992
ポリマ－107,8241
非ポリマー4761
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area38760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)140.052, 64.561, 115.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 107823.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O35904, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-QD2 / 4-[6-methoxy-5-(methylsulfamoyl)pyridin-3-yl]-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzoxazine-6-carboxamide


分子量: 475.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N5O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus condition: 0.1 M buffer system 1 pH 6.5, 0.1 M carboxylic acids, 30% ethylene glycol/PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→68.5 Å / Num. obs: 26470 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.52→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4665 / CC1/2: 0.472

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.52→68.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.356
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1274 4.81 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 26470 77.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 203.44 Å2 / Biso mean: 96.53 Å2 / Biso min: 41.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.974 Å20 Å2-0.7581 Å2
2---8.4083 Å20 Å2
3---9.3823 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→68.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6913 0 33 115 7061
Biso mean--56.69 70.9 -
残基数----859
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2529SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1202HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7100HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion881SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8159SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7100HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9588HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.05
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 21 3.96 %
Rwork0.2288 509 -
all0.2308 530 -
obs--12.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.512 Å / Origin y: -14.6032 Å / Origin z: 28.9364 Å
111213212223313233
T-0.3161 Å20.1808 Å2-0.0731 Å2--0.3301 Å2-0.1287 Å2---0.1771 Å2
L1.7347 °2-0.2476 °20.2034 °2-2.3854 °20.5097 °2--1.4294 °2
S-0.0457 Å °0.1176 Å °0.1174 Å °-0.3101 Å °-0.281 Å °0.512 Å °-0.0345 Å °-0.2637 Å °0.3268 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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