PDB-6z83: CK2 alpha bound to chemical probe SGC-CK2-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z83

タイトル

CK2 alpha bound to chemical probe SGC-CK2-1

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Chemical Probe / Inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.171 Å

データ登録者

Kraemer, A. / Wells, C. / Drewry, D.H. / Pickett, J.E. / Axtman, A.D. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Development of a potent and selective chemical probe for the pleiotropic kinase CK2.
著者: Wells, C.I. / Drewry, D.H. / Pickett, J.E. / Tjaden, A. / Kramer, A. / Muller, S. / Gyenis, L. / Menyhart, D. / Litchfield, D.W. / Knapp, S. / Axtman, A.D.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z83.cif.gz	163.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z83.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z83_validation.pdf.gz	1016.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z83_full_validation.pdf.gz	1019.7 KB	表示
XML形式データ	6z83_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	6z83_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z84C 6yulS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hme-2 6qy7-2 6l1z-d 5n1v-2 5h8b-2 3u87-1 6hor-d 3q9y-d 3fwq-1 5cu4-d 5oti-d 3q9x-2 4uba-2 5zn0-d 7a49-1 3u9c-1 5cqw-2 3u4u-d 6gmd-1 5zn3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Casein kinase II subunit alpha

BBB: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

88.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.960, 126.960, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 42799.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-QBE / ~{N}-[5-[[3-cyano-7-(cyclopropylamino)-3~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]-2-methyl-phenyl]propanamide 分子量: 375.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonia sulphate 0.1 M bis-tris pH 5.5 23-26% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→44.89 Å / Num. obs: 54337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.17→2.23 Å / Num. unique obs: 4362 / CC_1/2: 0.761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6yul

6yul

解像度: 2.171→44.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.166 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	2767	5.099 %
R_work	0.214	51498	-
all	0.216	-	-
obs	-	54265	99.956 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.648 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.648 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.171→44.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5441	0	165	275	5881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.044	0.01	8386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.644	7771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.495	1.59	11895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.276	5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.756	21.652	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.056	15	936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.312	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.475	3.825	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.476	3.823	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.452	5.725	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.452	5.727	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.593	4.081	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.593	4.081	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.69	6.041	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.689	6.042	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.088	75.988	12045
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.088	75.988	12046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.171-2.227	0.277	192	0.277	3748	X-RAY DIFFRACTION	99.7468
2.227-2.288	0.328	158	0.281	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.9738
2.288-2.354	0.307	159	0.268	3610	X-RAY DIFFRACTION	99.9735
2.354-2.427	0.282	177	0.252	3459	X-RAY DIFFRACTION	99.9725
2.427-2.506	0.284	180	0.255	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.506-2.594	0.302	168	0.244	3256	X-RAY DIFFRACTION	99.9708
2.594-2.692	0.266	169	0.233	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.692-2.802	0.273	196	0.222	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.802-2.926	0.261	193	0.213	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.9674
2.926-3.069	0.275	158	0.214	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.069-3.235	0.256	114	0.216	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.431	0.245	148	0.207	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.431-3.667	0.225	137	0.197	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.667-3.96	0.228	111	0.184	2227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.338	0.169	126	0.169	2048	X-RAY DIFFRACTION	100
4.338-4.848	0.16	95	0.159	1875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.848-5.595	0.217	110	0.188	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.595-6.846	0.322	83	0.231	1424	X-RAY DIFFRACTION	100
6.846-9.654	0.281	57	0.207	1143	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)