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万見
- PDB-6z7i: Crystal structure of CTX-M-15 E166Q mutant apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7i
タイトルCrystal structure of CTX-M-15 E166Q mutant apoenzyme
要素Beta-lactamase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase / inhibitor / antibiotic resistance / cross-link
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J014400/1 英国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Penicillanic Acid Sulfones Inactivate the Extended-Spectrum beta-Lactamase CTX-M-15 through Formation of a Serine-Lysine Cross-Link: an Alternative Mechanism of beta-Lactamase Inhibition.
著者: Hinchliffe, P. / Tooke, C.L. / Bethel, C.R. / Wang, B. / Arthur, C. / Heesom, K.J. / Shapiro, S. / Schlatzer, D.M. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A. / Spencer, J.
履歴
登録2020年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7686
ポリマ－28,2921
非ポリマー4765
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.587, 45.693, 117.606
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28292.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3G192, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 2.0 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.72 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→45.69 Å / Num. obs: 138530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 8.02 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6818 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.649 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QW8

6qw8


解像度: 0.98→42.59 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1442 7006 5.07 %
Rwork0.1264 131164 -
obs0.1273 138170 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.48 Å2 / Biso mean: 12.9246 Å2 / Biso min: 4.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.98→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 39 363 2347
Biso mean--29.34 29.58 -
残基数----260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.98-0.990.28132410.273143344575100
0.99-10.25582560.246842454501100
1-1.020.2482250.24084366459199
1.02-1.030.24952520.220842584510100
1.03-1.040.22542520.218443034555100
1.04-1.060.22482440.212142834527100
1.06-1.070.21112230.190743514574100
1.07-1.090.19592160.175143554571100
1.09-1.10.19731870.161543614548100
1.1-1.120.17451970.149743464543100
1.12-1.140.14062460.13543674613100
1.14-1.160.14192340.132143014535100
1.16-1.180.14492260.127843104536100
1.18-1.210.14172460.125343754621100
1.21-1.230.1352270.119143474574100
1.23-1.260.14672320.120943224554100
1.26-1.30.1462730.11143084581100
1.3-1.330.12122080.112543884596100
1.33-1.370.14052550.105643414596100
1.37-1.410.12172330.09843854618100
1.41-1.460.1382220.099143644586100
1.46-1.520.11062220.091844174639100
1.52-1.590.10232280.095944084636100
1.59-1.680.13062650.094443414606100
1.68-1.780.1042350.098544164651100
1.78-1.920.10362470.101444024649100
1.92-2.110.12341960.100344714667100
2.11-2.420.12372270.104644824709100
2.42-3.040.12432430.122945134756100
3.05-42.590.17142480.147547044952100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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