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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z5a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of haspin (GSG2) in complex with macrocycle ODS2002941 | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase haspin | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / kinase inhibitor / haspin / gsg2 macrocycle / nanocyclic / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / 染色体 / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / 染色体 / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of haspin (GSG2) in complex with macrocycle ODS2002941 著者: Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z5a.cif.gz | 169.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z5a.ent.gz | 130.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z5a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4qtcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40711.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HASPIN, GSG2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 6種, 516分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-Q8B / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 60.0% MPD, 0.1M SPG pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→57.013 Å / Num. obs: 74138 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4qtc 解像度: 1.55→34.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.278 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0604 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.96 Å2 / Biso mean: 13.897 Å2 / Biso min: 4.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→34.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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