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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z27 | ||||||
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タイトル | Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV LCP crystallization | ||||||
![]() | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / bacteriochlorophyll / Rhodobacter sphaeroides / serial crystallography / mesophase crystallization / lipid sponge phase / lipid cubic phase / spheroidene / ubiquinone | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gabdulkhakov, A.G. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G. / Betzel, C. / Selikhanov, G.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Novel approaches for the lipid sponge phase crystallization of the Rhodobacter sphaeroides photosynthetic reaction center. 著者: Selikhanov, G. / Fufina, T. / Vasilieva, L. / Betzel, C. / Gabdulkhakov, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 217 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 27047.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: puhA / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / Mutation: S178T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pufL / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 33885.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: S8T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pufM / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 9種, 187分子 ![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-BCL / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-FE / | #10: 化合物 | ChemComp-U10 / | #11: 化合物 | ChemComp-EDO / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 1-mono-oleyl-rac-glycerol (MO), 1,2,3-heptanetriol, Jeffamine M600, N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide (LDAO) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 72564 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.06 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.94 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 5862 / CC1/2: 0.31 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3V3Y 解像度: 2.1→48.86 Å / SU ML: 0.2725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.4563 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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