PDB-6z21: Crystal structure of deacylation mutant KPC-2 (E166Q)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z21

タイトル

Crystal structure of deacylation mutant KPC-2 (E166Q)

要素

Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase / antibiotic resistance / mutant / carbapenemase.

機能・相同性

Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / beta-lactam antibiotic catabolic process / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Natural variants modify Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) acyl-enzyme conformational dynamics to extend antibiotic resistance.
著者: Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Bonomo, R.A. / Schofield, C.J. / Mulholland, A.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z21.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z21.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z21_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z21_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	6z21_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	6z21_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z22C 6z23C 6z24C 6z25C 6qw9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z25-d 6xd7-d 3bfg-2 4pm7-d 5ne3-2 5mgi-d 1ylp-d 3g2y-1 4bd0-d 5fai-d 4zbe-d 4fz9-d 3nx9-d 2cc1-d 6sp6-d 6td0-d 3rxx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.200, 78.440, 55.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- SO4
2	1	A-466- HOH

#1: タンパク質	Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1 分子量: 30805.646 Da / 分子数: 1 / 変異: E166Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8M ammonium sulphate, 5% ethanol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.93998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→45.56 Å / Num. obs: 65868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / Num. unique obs: 3241 / CC_1/2: 0.46 / R_pim(I) all: 0.686 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QW9

6qw9

解像度: 1.3→32.861 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	3316	5.04 %
R_work	0.143	62477	-
obs	0.1446	65793	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.65 Å² / B_iso mean: 25.2192 Å² / B_iso min: 12.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→32.861 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2016	0	73	230	2319
B_iso mean	-	-	46.64	39.13	-
残基数	-	-	-	-	270

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.3-1.3186	0.3933	124	0.3492	2558
1.3186-1.3383	0.3535	140	0.3223	2600
1.3383-1.3592	0.3337	127	0.3106	2541
1.3592-1.3815	0.3183	112	0.2921	2602
1.3815-1.4053	0.263	135	0.2761	2575
1.4053-1.4308	0.2934	105	0.2522	2606
1.4308-1.4583	0.3022	144	0.2369	2566
1.4583-1.4881	0.3092	140	0.2329	2554
1.4881-1.5205	0.2775	145	0.2214	2587
1.5205-1.5558	0.2381	145	0.1962	2590
1.5558-1.5947	0.1932	146	0.1583	2546
1.5947-1.6379	0.2098	153	0.1457	2586
1.6379-1.6861	0.1712	138	0.1303	2572
1.6861-1.7405	0.1591	122	0.1284	2603
1.7405-1.8027	0.1739	129	0.1279	2615
1.8027-1.8748	0.1622	148	0.119	2582
1.8748-1.9602	0.1356	147	0.1048	2593
1.9602-2.0635	0.1561	125	0.1038	2628
2.0635-2.1928	0.1321	163	0.109	2580
2.1928-2.362	0.1731	152	0.1121	2617
2.362-2.5996	0.1279	138	0.1151	2628
2.5996-2.9756	0.1751	140	0.1251	2656
2.9756-3.7481	0.1449	149	0.1295	2685
3.7481-32.861	0.1633	149	0.1496	2807

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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