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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z1j | ||||||
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タイトル | Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV LSP co-crystallization with spheroidene | ||||||
要素 | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / bacteriochlorophyll / Rhodobacter sphaeroides / serial crystallography / mesophase crystallization / lipid sponge phase / lipid cubic phase / spheroidene / ubiquinone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A.G. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G. / Betzel, C. / Selikhanov, G.K. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2020 タイトル: Novel approaches for the lipid sponge phase crystallization of the Rhodobacter sphaeroides photosynthetic reaction center. 著者: Selikhanov, G. / Fufina, T. / Vasilieva, L. / Betzel, C. / Gabdulkhakov, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z1j.cif.gz | 228.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z1j.ent.gz | 161.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z1j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z1j_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z1j_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6z1j_validation.xml.gz | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z1j_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/6z1j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / Mutation: S178T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 細胞株 (発現宿主): RV / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 33885.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: S8T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9 |
-非ポリマー , 11種, 207分子
#4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 化合物 | ChemComp-BCL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 #8: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | #9: 化合物 | ChemComp-FE / | #10: 化合物 | ChemComp-U10 / | #11: 化合物 | ChemComp-SPN / | #12: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #13: 化合物 | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1-mono-oleyl-rac-glycerol (MO), 1,2,3-heptanetriol, Jeffamine M600, N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide (LDAO) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 71322 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.91 % / Biso Wilson estimate: 35.59 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 5199 / CC1/2: 0.48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V3Y 解像度: 2.1→46.07 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.3779 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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