[日本語] English
万見
- PDB-6z00: Arabidopsis thaliana Naa50 in complex with bisubstrate analogue C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z00
タイトルArabidopsis thaliana Naa50 in complex with bisubstrate analogue CoA-Ac-MVNAL
要素
  • Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
  • MET-VAL-ASN-ALA-LEU
キーワードTRANSFERASE / N-alpha-acetyltransferase / GNAT-fold / Naa50 / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


: / seedling development / root development / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / cell death / response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBOXYMETHYL COENZYME *A / Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Weidenhausen, J. / Kopp, J. / Lapouge, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)201348542 - SFB 1036(TP22) ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of the N-terminal acetyltransferase Naa50.
著者: Weidenhausen, J. / Kopp, J. / Armbruster, L. / Wirtz, M. / Lapouge, K. / Sinning, I.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
C: MET-VAL-ASN-ALA-LEU
D: MET-VAL-ASN-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5516
ポリマ－39,9004
非ポリマー1,6512
水4,612256
1
A: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
C: MET-VAL-ASN-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7763
ポリマ－19,9502
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein
D: MET-VAL-ASN-ALA-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7763
ポリマ－19,9502
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.863, 73.862, 74.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein / At5g11340 / Separation anxiety protein-like


分子量: 19403.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DOM = CoA-Ac-MVNAL; SMILES: O[C@H](C(C)(COP(OP(OC[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)N2C=NC3=C2N=CN=C3N)O)OP([O-])(O)=O)([O-])=O)([O-])=O)C)C(NCCC(NCCSCC(N[C@@H](CCSC)C(N[C@H](C(N[C@H](C(N[C@H] ...詳細: DOM = CoA-Ac-MVNAL; SMILES: O[C@H](C(C)(COP(OP(OC[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)N2C=NC3=C2N=CN=C3N)O)OP([O-])(O)=O)([O-])=O)([O-])=O)C)C(NCCC(NCCSCC(N[C@@H](CCSC)C(N[C@H](C(N[C@H](C(N[C@H](C(N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)=O)C)=O)CC(N)=O)=O)C(C)C)=O)=O)=O)=O
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g11340, F2I11.230, F2I11_230 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9LFM3
#2: タンパク質・ペプチド MET-VAL-ASN-ALA-LEU


分子量: 546.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 32.5 mg mL-1 protein mixed with CoA-Ac-MVNAL (2.5 mM); drops (400 nL): 1:1 mix of (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) and (1 M LiCl, 10 % (w/v) PEG 6000, 0.1 M citric acid pH 4.0). Crystals ...詳細: 32.5 mg mL-1 protein mixed with CoA-Ac-MVNAL (2.5 mM); drops (400 nL): 1:1 mix of (20 mM HEPES pH 8.0, 250 mM NaCl) and (1 M LiCl, 10 % (w/v) PEG 6000, 0.1 M citric acid pH 4.0). Crystals after 20 h; 20 % (v/v) glycerol as cryo protectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.983997 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→47.62 Å / Num. obs: 64831 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 17.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3133 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190606データ削減
Aimless7.0.073データスケーリング
PHASER1.17.1_3660位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
PHENIX1.18_3845精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AtNaa50/AcCoA

解像度: 1.42→47.62 Å / SU ML: 0.1486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.5875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1914 3255 5.02 %
Rwork0.1635 61567 -
obs0.1641 64822 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2447 0 176 256 2879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01172714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07213686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8851983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.440.27321320.2452614X-RAY DIFFRACTION98.42
1.44-1.460.27821210.22842624X-RAY DIFFRACTION98.49
1.46-1.490.27241390.22422621X-RAY DIFFRACTION98.96
1.49-1.510.251210.20862667X-RAY DIFFRACTION99.29
1.51-1.540.25161400.18532633X-RAY DIFFRACTION99.07
1.54-1.570.21831350.17352640X-RAY DIFFRACTION99
1.57-1.60.20711480.16812629X-RAY DIFFRACTION99.21
1.6-1.640.22321670.15592612X-RAY DIFFRACTION99.21
1.64-1.680.21451380.16182655X-RAY DIFFRACTION99.5
1.68-1.720.22471120.15022700X-RAY DIFFRACTION99.5
1.72-1.760.17731320.15022669X-RAY DIFFRACTION99.61
1.76-1.820.18021550.14342640X-RAY DIFFRACTION99.64
1.82-1.870.18061970.14582615X-RAY DIFFRACTION99.54
1.87-1.940.1751490.14472656X-RAY DIFFRACTION99.86
1.94-2.020.16471460.14242676X-RAY DIFFRACTION99.65
2.02-2.110.19151380.14292675X-RAY DIFFRACTION99.79
2.11-2.220.17691420.14432705X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.360.18431340.15362693X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.18871430.16172726X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.2071230.17442723X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.20.20321200.1712780X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-4.040.16661540.15792739X-RAY DIFFRACTION99.55
4.04-47.620.18421690.16882875X-RAY DIFFRACTION99.84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る