PDB-6ywf: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ywf

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / Alginate lyase / fungal / polysaccharide lyase family 7 / PL7

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wilkens, C. / Fredslund, F. / Welner, D.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase
著者: Wilkens, C. / Fredslund, F. / Welner, D.H.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ywf.cif.gz	169 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ywf.ent.gz	110.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ywf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ywf_validation.pdf.gz	405 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ywf_full_validation.pdf.gz	405 KB	表示
XML形式データ	6ywf_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	6ywf_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cwsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f6t-d 1hxn-d 4ibq-2 4eyf-2 5qug-d 3sd9-2 5qud-d 5quh-d 5que-d 2akp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.768, 80.442, 81.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Alginate lyase (PL7) 分子量: 25468.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: A0A485PVH1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500, 0.1 M TBG buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40.22 Å / Num. obs: 18624 / % possible obs: 98.32 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07987 / R_pim(I) all: 0.02868 / R_rim(I) all: 0.08505 / Net I/σ(I): 17.26
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / Num. unique obs: 11623 / CC_1/2: 0.947 / CC star: 0.986 / R_pim(I) all: 0.1418 / R_rim(I) all: 0.3682 / % possible all: 93.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.7.16	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CWS

2cws

解像度: 1.9→40.22 Å / SU ML: 0.1473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.3243
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	1830	9.96 %
R_work	0.1507	16542	-
obs	0.1545	18372	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1731	0	0	237	1968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	1769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7054	2416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0496	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3529	619

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.2222	131	0.1778	1186	X-RAY DIFFRACTION	92.94
1.95-2.01	0.2494	135	0.1768	1210	X-RAY DIFFRACTION	95.73
2.01-2.07	0.1996	130	0.1593	1231	X-RAY DIFFRACTION	97.01
2.07-2.15	0.1935	135	0.1537	1256	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.15-2.23	0.2101	134	0.15	1251	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.23-2.34	0.1975	144	0.1469	1272	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.34-2.46	0.1868	137	0.1438	1260	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.46-2.61	0.1804	144	0.1459	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.61-2.81	0.1782	141	0.1541	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.81-3.1	0.2031	151	0.1586	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.1-3.54	0.2004	145	0.1567	1308	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.55-4.46	0.1664	147	0.1292	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-40.22	0.1602	156	0.1521	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.88954953242	-0.105876678388	-0.0390168743567	3.50266791323	-0.874633538345	2.76670915799	-0.0858558490053	0.00796222329549	0.0946000113294	-0.163406069429	0.0415181594454	-0.113327067013	0.148768792373	0.183657190494	0.0271698266846	0.102892566086	0.0206078654948	0.016488684498	0.103000672346	-0.0159909679068	0.0794850433156	4.12108203037	13.2067595612	5.04708140962
2	0.786816412978	0.123573772792	0.169137962746	1.46937095896	-0.345891630311	1.32060105142	-0.016464975884	-0.0379536499743	0.0300389981509	0.0575228330989	-0.00222816781653	-0.0673194389212	0.0184547852318	0.061246226843	0.0287243079798	0.100706344803	-0.000261290688542	0.00409153079554	0.132997453363	-0.00217613335627	0.137808941093	3.23053121738	19.3269538541	17.4171637448
3	1.81234135076	1.53285598835	-0.0233653372431	1.45759823757	0.223280928	3.70814139586	0.13025658393	-0.449456360586	0.0238228201064	0.771044496282	-0.127833874737	-0.0325401600357	0.131845201926	-0.0737171157477	0.00601028983444	0.274021378392	0.0122213962631	-0.00651980709646	0.190232011349	-0.0146136918596	0.130168139731	2.2196583238	22.344055174	33.5314312006
4	6.94966446871	5.72733034692	-0.790520100854	9.10729999413	-1.80458871692	4.09171378582	0.20363039549	-0.388858775678	0.314830015858	0.710764004955	-0.185129429424	-0.01764302378	-0.313859253378	0.109404898012	-0.00407554446101	0.147238552366	0.0586583190177	-0.0235231090264	0.137009767236	-0.0239029067534	0.132450437191	4.22026859505	29.3244550446	28.964483443
5	1.54726125572	1.49842228432	-0.155940068226	2.01903205071	-0.610183016676	1.14219735449	-0.0517550050064	-0.0775076914129	0.0391384272278	-0.122441661347	0.20698943182	0.47410502531	0.186307327264	-0.187642546392	-0.172058024994	0.174451104749	-0.0179793078642	0.0174663382121	0.18203350387	0.000208141956464	0.17343071997	-7.35482307126	18.5698783353	21.7077434317
6	3.23426129223	2.27444260047	-0.952722515666	5.05773404521	-0.75592169308	3.3639416496	0.185737161098	-0.242180612251	0.334552043516	0.331162496833	-0.241899818322	0.566179846273	-0.313338157543	-0.257724800432	-0.00832160022133	0.157815347876	0.0229930881662	0.0224507228014	0.169837332449	-0.0279049258492	0.226958838534	-8.12899515547	29.6269231452	24.5405296493
7	0.156899923483	-0.209493524558	-0.0556218423144	1.11304698134	0.428032623304	1.47494581502	0.0025253918015	-0.091328984516	0.0958673921654	0.124133249483	-0.0015564518242	-0.26900629983	-0.154223058115	0.0392284938937	0.0231844007243	0.118429812708	-0.00769278862093	-0.00411862291649	0.121514225312	-0.00314976644002	0.171767104724	4.87044208407	28.4833420982	17.3181302656
8	2.03251742641	0.815046595265	-0.316273330547	2.21837114677	-0.176524952784	2.63278508456	-0.0773112285775	-0.133012245884	-0.00994510183348	-0.074096494726	0.147948401439	0.0992156591244	-0.0692676656724	-0.194588194321	-0.00363845378266	0.134775636369	-0.00907710799366	0.00602597776212	0.0779789925876	-0.0307678275113	0.106941855398	1.42859158556	15.6045599923	16.8426013461

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 23 through 63 )	23 - 63	1 - 41
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 147 )	64 - 147	42 - 127
3	3	chain 'A' and (resid 148 through 161 )	148 - 161	128 - 141
4	4	chain 'A' and (resid 162 through 176 )	162 - 176	142 - 156
5	5	chain 'A' and (resid 177 through 189 )	177 - 189	157 - 169
6	6	chain 'A' and (resid 190 through 208 )	190 - 208	170 - 188
7	7	chain 'A' and (resid 209 through 225 )	209 - 225	189 - 205
8	8	chain 'A' and (resid 226 through 247 )	226 - 247	206 - 227

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