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- PDB-6yvg: Crystal structure of MesI (Lpg2505) from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yvg
タイトルCrystal structure of MesI (Lpg2505) from Legionella pneumophila
要素MesI (Lpg2505)
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性Protein of unknown function DUF5630 / Family of unknown function (DUF5630) / IODIDE ION / Ankyrin repeat protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Machtens, D.A. / Willerding, J.M. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the metaeffector MesI (Lpg2505) from Legionella pneumophila.
著者: Machtens, D.A. / Willerding, J.M. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月1日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MesI (Lpg2505)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,35210
ポリマ－34,2751
非ポリマー1,0779
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.960, 56.910, 70.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MesI (Lpg2505)


分子量: 34275.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
遺伝子: lpg2505 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSL2
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM ammonium iodide, 20 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 210.98
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 222.0837
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 231.0386
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 9M1PIXEL2018年5月30日
DECTRIS EIGER X 9M2PIXEL2018年5月30日
DECTRIS EIGER X 9M3PIXEL2018年7月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
22.08371
31.03861
反射解像度: 2.2→44.14 Å / Num. obs: 15667 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.529 % / Biso Wilson estimate: 59.807 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 9.74 / Num. measured all: 107228
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.33.5230.961.2513283383437700.6221.13298.3
2.3-2.43.6330.71.9311545317131780.7690.822100
2.4-2.53.5790.5152.679524267326610.840.60799.6
2.5-2.73.4650.34.3114815428642760.9480.35699.8
2.7-33.5150.1727.515905453045250.9780.20499.9
3-3.53.5320.0913.3115614442544210.9920.10699.9
3.5-43.6330.0619.779039249224880.9950.07199.8
4-53.4010.04822.168451249024850.9950.05799.8
5-63.5380.04322.723817108210790.9970.05199.7
6-83.3860.04123.6829838828810.9960.04999.9
8-103.7110.03427.5911543133110.9990.03999.4
10-123.7290.03228.034811291290.9990.037100
12-153.620.0328.1533392920.9980.035100
15-203.4550.0326.0119055550.9980.036100
20-44.142.6860.04524.099441350.9940.05585.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.14 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 783 5 %
Rwork0.185 14864 -
obs0.1872 15647 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.13 Å2 / Biso mean: 62.941 Å2 / Biso min: 32.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 12 45 2272
Biso mean--82.63 59.34 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.340.35131290.287424442573
2.34-2.520.29051300.247724572587
2.52-2.770.28011300.233724842614
2.77-3.170.28791290.23124592588
3.17-40.24051310.177124872618
4-44.140.17551340.14925332667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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