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万見
- PDB-6yue: Fragment of nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ (R50S va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yue
タイトルFragment of nitrate/nitrite sensor histidine kinase NarQ (R50S variant)
要素Nitrate/nitrite sensor protein NarQ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sensor / histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to nitrate / cellular response to nitrite / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nitrate assimilation / protein dimerization activity / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-sensing / NarX-like, N-terminal domain superfamily / NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain ...Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-sensing / NarX-like, N-terminal domain superfamily / NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrate/nitrite sensor protein NarQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gushchin, I. / Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Yuzhakova, A. / Gordeliy, V.
資金援助 ロシア, フランス, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation18-74-10053 ロシア
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Sensor Histidine Kinase NarQ Activates via Helical Rotation, Diagonal Scissoring, and Eventually Piston-Like Shifts.
著者: Gushchin, I. / Orekhov, P. / Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Yuzhakova, A. / Gordeliy, V.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrate/nitrite sensor protein NarQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7431
ポリマ－26,7431
非ポリマー00
水1629
1
A: Nitrate/nitrite sensor protein NarQ

A: Nitrate/nitrite sensor protein NarQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4862
ポリマ－53,4862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.933, 73.702, 236.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrate/nitrite sensor protein NarQ


分子量: 26742.787 Da / 分子数: 1 / 変異: R50S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: narQ, b2469, JW2453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27896, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 1.2 M KH2PO4/Na2HPO4 pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.7 Å / Num. obs: 6860 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.595 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 490 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 56.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5iji

5iji


解像度: 2.4→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.824 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.694 / SU B: 13.857 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.553
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3674 337 5 %RANDOM
Rwork0.2846 ---
obs0.2885 6383 66.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.79 Å2 / Biso mean: 38.479 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å2-0 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 0 9 1787
Biso mean---22.22 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0191882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.581.9522584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.48734226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9525248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.59123.88285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60215315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3121512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0330.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02470
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 3 -
Rwork0.28 69 -
all-72 -
obs--9.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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