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- PDB-6yub: Crystal structure of Uba4 from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yub
タイトルCrystal structure of Uba4 from Chaetomium thermophilum
要素(Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4) x 3
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin-like protein activator 4
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin synthase sulfurtransferase / molybdopterin-synthase sulfurtransferase activity / molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / URM1 activating enzyme activity / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process ...molybdopterin synthase sulfurtransferase / molybdopterin-synthase sulfurtransferase activity / molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / URM1 activating enzyme activity / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfotransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase and sulfurtransferase MOCS3/Uba4 / ThiF/MoeB/HesA family / Rhodanese Homology Domain / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Grudnik, P. / Pabis, M. / Ethiraju Ravichandran, K. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2018/31/B/NZ1/03559 ポーランド
Foundation for Polish ScienceFirstTEAM/2016-1/2 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the bifunctional Uba4-Urm1 sulfur-relay system in tRNA thiolation and ubiquitin-like conjugation.
著者: Pabis, M. / Termathe, M. / Ravichandran, K.E. / Kienast, S.D. / Krutyholowa, R. / Sokolowski, M. / Jankowska, U. / Grudnik, P. / Leidel, S.A. / Glatt, S.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
B: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
C: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4895
ポリマ－94,3583
非ポリマー1312
水3,999222
1
A: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
B: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3314
ポリマ－80,2002
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
2
C: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1581
ポリマ－14,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.750, 74.170, 103.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4


分子量: 47815.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SC54
#2: タンパク質 Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4


分子量: 32384.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SC54
#3: タンパク質 Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4


分子量: 14158.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SC54
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES pH 6.9 and 23.5 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→47.63 Å / Num. obs: 48108 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.1412 / Net I/σ(I): 10.33
反射 シェル解像度: 2.195→2.274 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 4560 / CC1/2: 0.689 / Rrim(I) all: 1.356

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jw3

1jw3


解像度: 2.195→47.628 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 2400 4.99 %
Rwork0.2081 45662 -
obs0.2103 48062 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 214.54 Å2 / Biso mean: 58.7014 Å2 / Biso min: 22.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.195→47.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6075 0 2 222 6299
Biso mean--41.72 52.22 -
残基数----824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.195-2.23990.35961320.3382250593
2.2399-2.28860.37191400.3242264499
2.2886-2.34180.3311420.27382695100
2.3418-2.40040.30651410.25392700100
2.4004-2.46520.28021400.23832674100
2.4652-2.53780.25961410.22942662100
2.5378-2.61970.2821410.22862691100
2.6197-2.71330.28361420.23242703100
2.7133-2.82190.24781400.22392670100
2.8219-2.95040.27561430.23452710100
2.9504-3.10590.2621420.21092704100
3.1059-3.30040.23291420.2082685100
3.3004-3.55520.23291410.18852696100
3.5552-3.91280.18561430.17922704100
3.9128-4.47860.22161430.16862715100
4.4786-5.64110.24811400.18072712100
5.6411-47.6280.27251470.21522792100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1003-0.63851.9140.8537-1.00184.801-0.1272-0.0021-0.12010.0383-0.0201-0.08930.17920.19350.17780.25590.00150.00880.30360.02230.5437-0.105814.28243.2765
24.1828-0.5371-0.5852.83210.58715.168-0.0875-0.3819-0.16460.34030.2738-0.44370.3840.846-0.11390.2950.0326-0.04550.2896-0.01790.487411.666114.144251.8726
32.5721.58552.97542.78823.91696.9654-0.06560.55930.1347-0.01370.296-0.47410.13560.8374-0.3350.29230.05940.04870.3962-0.00140.552611.873512.533733.3231
43.9938-2.5653-1.72315.4475-0.26541.4931-0.2073-0.21570.44180.39860.1225-0.78960.03660.10440.14490.313-0.09980.00760.3027-0.00550.553213.638537.831947.71
52.7495-0.1199-1.39266.43684.1663.36460.37350.21360.1979-0.67290.37350.3182-0.6136-1.3008-0.7560.8023-0.1188-0.05330.88820.20470.78395.416419.83810.8237
63.38173.5238-3.0819.0513-2.58142.8899-0.55530.51120.2384-0.7590.39560.36730.0892-0.66550.00271.03080.14090.04521.48730.48450.81346.564127.16-5.0545
76.9028-0.46664.76452.5701-0.84083.3268-0.22650.75960.4610.0468-0.1217-0.3661-0.61371.01050.35590.72210.01650.00740.85720.29410.618422.67221.4034.1472
82.3204-1.3419-0.49163.34030.75022.54110.04280.2811-0.2588-0.2478-0.2783-0.2874-0.0688-0.44510.27850.51640.14990.06270.91290.23280.596315.11925.10519.9349
94.77740.956-0.18416.72363.12287.6393-0.31221.0706-0.1795-0.4443-0.00380.64140.8749-0.26350.34710.7426-0.0763-0.05531.0860.19530.507811.760511.66421.841
102.23521.1052-1.70061.6969-0.34484.68010.05890.14180.0787-0.19380.04570.1968-0.10590.0539-0.16640.19820.0294-0.02260.26360.02780.3433-13.557711.412526.3407
112.4856-0.3685-0.06692.55760.22051.40980.00840.2462-0.2391-0.0066-0.01370.02450.157-0.0230.00960.2404-0.01190.01490.2605-0.0340.2788-12.9237-1.367727.8439
122.0616-0.5721-0.14212.64841.8162.8210.09060.4131-0.2457-0.13570.0468-0.02210.02490.1321-0.12730.2107-0.00920.00220.3905-0.03780.41120.5138-2.316422.8358
132.0161-0.1228-0.0520.334-0.23110.41610.00310.2916-0.2104-0.0394-0.0122-0.1847-0.01310.12230.02180.35270.0050.02120.3695-0.02960.470811.8175-2.4729.6151
144.06171.8171.49182.86050.88834.65150.00330.4884-0.5767-0.10510.047-0.53540.18640.2011-0.0040.32210.03170.05370.5391-0.0410.708228.08180.428817.0628
158.4385-3.8157-1.70583.3981-0.68156.06010.00360.5090.32870.27090.1844-0.0165-0.8589-0.5863-0.21270.37970.0383-0.05630.41210.1020.501125.938714.807627.6645
162.2389-1.52430.41282.2821-2.20113.44570.1022-0.5229-0.09580.17430.04070.2843-0.309-0.2643-0.03310.3533-0.03110.02430.3387-0.04490.4232-12.71877.827457.132
171.4857-0.0786-1.82587.4372-6.4439.7755-0.0228-0.025-0.15760.6892-0.30280.0821-0.45220.28940.15430.2438-0.01150.00940.2334-0.02290.3436-6.517417.314453.8748
180.86960.41760.46080.3160.06840.7935-0.09950.09730.2257-0.0728-0.0356-0.076-0.19790.02880.12780.2787-0.00390.02580.29410.02290.4338-11.199823.073936.908
192.37941.25410.27482.4690.16341.1493-0.0237-0.03680.1601-0.0925-0.0565-0.0393-0.07510.10230.07290.22860.03650.02660.22250.00550.3891-3.721827.978145.675
201.74381.1193.05333.84262.11265.2266-0.14910.21820.0832-0.1456-0.0088-0.284-0.22160.55880.11280.23980.00020.08320.3318-0.04380.475511.064122.63547.0177
213.52322.34982.67211.7131.97342.2273-0.00640.375-0.6173-0.12440.3136-0.3329-0.0990.1367-0.2820.3070.02760.08540.3931-0.04060.581613.591324.141844.3684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 209 through 229 )B209 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 230 through 256 )B230 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 257 through 277 )B257 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 278 through 304 )B278 - 304
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 318 through 330 )C318 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 331 through 337 )C331 - 337
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 338 through 392 )C338 - 392
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 393 through 422 )C393 - 422
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 423 through 444 )C423 - 444
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 3 through 89 )A3 - 89
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 90 through 168 )A90 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 169 through 242 )A169 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 243 through 350 )A243 - 350
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 351 through 422 )A351 - 422
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 423 through 444 )A423 - 444
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 2 through 25 )B2 - 25
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 26 through 44 )B26 - 44
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 45 through 89 )B45 - 89
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 90 through 159 )B90 - 159
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 160 through 178 )B160 - 178
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 179 through 208 )B179 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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