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- PDB-6yn4: Structure of D169A/E171A double mutant of chitinase Chit42 from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yn4
タイトルStructure of D169A/E171A double mutant of chitinase Chit42 from Trichoderma harzianum complexed with chitintetraose.
要素Endochitinase 42
キーワードHYDROLASE / CHITINASE / HYDROLYTIC ENZYME / GLYCOSIL HYDROLASE / CHITIN / N-ACETYLGLUCOSAMINE / CHITINTETRAOSE / TETRAACETYL-CHITOTETRAOSE / COMPLEX / PREBIOTIC / OLIGOSACCHARIDE / CHITOOLOGOSACCHARIDE / TRICHODERMA HARZIANUM
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endochitinase 42
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma harzianum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Structural inspection and protein motions modelling of a fungal glycoside hydrolase family 18 chitinase by crystallography depicts a dynamic enzymatic mechanism
著者: Jimenez-Ortega, E. / Kidibule, P.E. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endochitinase 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,10515
ポリマ－45,9681
非ポリマー2,13714
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.352, 68.352, 177.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endochitinase 42 / 42 kDa endochitinase / Chitinase 42


分子量: 45968.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: chit42 / プラスミド: pBluescript SK (+) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P48827, chitinase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 403分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % / 解説: Bar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15 PEG 3000, 0.2 M Zinc Acetate, 0.1 M imidazole pH 8, 3% MPD Co-crystallization 2mM EDTA, 20mM chitintetraose. Cryoprotectant mother liquor supplemented with 20% PEG 400, 5 mM chitintetraose, 2 mM EDTA.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→48.38 Å / Num. obs: 38716 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 2258 / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.286 / Rrim(I) all: 0.758 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimless7.0.057データスケーリング
MOLREP7.0.077位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EPB

6epb


解像度: 1.82→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.668 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 1987 5.1 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
obs0.1813 36690 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.82 Å2 / Biso mean: 15.511 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 128 393 3515
Biso mean--30.29 27.29 -
残基数----389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0172846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.6754441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5651.6126635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4525406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61724.295149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74815470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.165157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02685
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 138 -
Rwork0.219 2683 -
all-2821 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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