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万見
- PDB-6ymc: 26-mer stem-loop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ymc
タイトル26-mer stem-loop RNA
要素RNA (26-MER)
キーワードRNA / tetra-loop
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Janowski, R. / Niessing, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Multiple intrinsically disordered RNA-binding motifs cooperate as RNA-folding catalyst and mediate phase transition
著者: Niedner, A. / Hennig, J. / Hofweber, M. / Monecke, T. / Davydova, E. / Gerber, A.P. / Anosova, I. / Mueller, M. / Heym, R. / Janowski, R. / Paillart, J.-C. / Dormann, D. / Sattler, M. / Niessing, D.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (26-MER)
B: RNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,11112
ポリマ－16,7382
非ポリマー1,37310
水1,74797
1
A: RNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0566
ポリマ－8,3691
非ポリマー6875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0566
ポリマ－8,3691
非ポリマー6875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.270, 52.430, 107.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (26-MER)


分子量: 8369.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM NaCl, 15 mM BaCl2, 40 mM Na Cacodylate 7.0 44 % MPD, 12 mM spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.01 Å / Num. obs: 9048 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique obs: 750 / CC1/2: 0.681 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.846 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.181
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 488 5.1 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1784 9048 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.77 Å2 / Biso mean: 31.496 Å2 / Biso min: 15.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.54 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1108 10 97 1215
Biso mean--40.82 33.81 -
残基数----52
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0111240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2781.2761930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9331236
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0270.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02270
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 22 -
Rwork0.256 648 -
all-670 -
obs--95.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2535-0.11460.02180.15570.09740.1289-0.0309-0.0837-0.0808-0.08820.04220.0128-0.1282-0.0256-0.01130.13360.02650.00550.077-0.00250.058111.890330.1271.9292
20.96760.2610.19840.38910.50610.69140.0915-0.042-0.1327-0.1464-0.0328-0.0673-0.2252-0.0717-0.05870.09910.01610.00270.0869-0.01850.030220.489737.003534.4727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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