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万見
- PDB-6yjl: Solution NMR structure of the C-terminal arm of RSV nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjl
タイトルSolution NMR structure of the C-terminal arm of RSV nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA Nuclear Magnetic Resonance Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein Nucleocapsid RNA dependent RNA polymerase Peptide Intrinsically disordered region
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / helical viral capsid / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / helical viral capsid / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / Evasion by RSV of host interferon responses / PKR-mediated signaling / viral capsid / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Cardone, C. / Eleouet, J.-F. / Galloux, M. / Sizun, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of the C-terminal arm of RSV nucleoprotein
著者: Cardone, C. / Eleouet, J.-F. / Galloux, M. / Sizun, C.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6281
ポリマ－3,6281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4040 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / Protein N / Nucleocapsid protein


分子量: 3627.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 361-391
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03418

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D HN(COCA)CB
181isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D HBHANH
1111isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic12D 1H-13C HSQC
191isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM unlabeled sodium phosphate, 100 mM unlabeled sodium chloride, 1 mM unlabeled TCEP, 1 mM [U-13C; U-15N] RSV_N_Carm, 93% H2O/7% D2O
Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphateunlabeled1
100 mMsodium chlorideunlabeled1
1 mMTCEPunlabeled1
1 mMRSV_N_Carm[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 133 mM / Ionic strength err: 15 / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4CCPNpeak picking
TALOS4.21Cornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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