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- PDB-6yjh: Crystal structure of Imidazole Glycerol Phosphate Dehydratase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjh
タイトルCrystal structure of Imidazole Glycerol Phosphate Dehydratase from Mycobacterium tuberculosis at 1.61 A resolution
要素Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
キーワードLYASE
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Skvortsov, T.A. / Azhikina, T.L. / Muravieva, T.I. / Kostromina, M.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Imidazole Glycerol Phosphate Dehydratase from Mycobacterium tuberculosis at 1.61 A resolution
著者: Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Skvortsov, T.A. / Azhikina, T.L. / Muravieva, T.I. / Kostromina, M.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1354
ポリマ－20,9711
非ポリマー1653
水1,78399
1
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,11392
ポリマ－482,32223
非ポリマー3,79169
水41423
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.130, 112.130, 112.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MN

21A-462-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase


分子量: 20970.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion
詳細: 30% PEG1500, 0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1 M Tris pH 7.5, 5 mM MnCl2, 0.04% NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→30 Å / Num. obs: 31512 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 27.56 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 5.9569
反射 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique obs: 4235 / Rrim(I) all: 0.428 / % possible all: 93.86

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GQU

4gqu


解像度: 1.61→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.137 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1748 1574 5 %RANDOM
Rwork0.1512 ---
obs0.1524 29932 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.08 Å2 / Biso mean: 16.033 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 3 99 1578
Biso mean--11.77 23.18 -
残基数----191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7951.6442110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5881.5763291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9635200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35619.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6515242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6951519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02357
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 99 -
Rwork0.231 1923 -
all-2022 -
obs--87.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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