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- PDB-6yja: DarB fom B. subtilis in complex with c-di-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yja
タイトルDarB fom B. subtilis in complex with c-di-AMP
要素CBS domain-containing protein YkuL
キーワードUNKNOWN FUNCTION / c-di-AMP binding protein
機能・相同性: / CBS domain superfamily / Chem-2BA / Cyclic di-AMP receptor B
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DarB from B. subtilis
著者: Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Ficner, R.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein YkuL
B: CBS domain-containing protein YkuL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7917
ポリマ－33,3072
非ポリマー1,4845
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.150, 65.410, 104.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CBS domain-containing protein YkuL


分子量: 16653.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: ykuL, BSU14130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31698

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非ポリマー , 5種, 231分子

#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M calcium chloride dehydrate, 0.05 M HEPES sodium pH 7.5, 28 % v/v polyethylene glycol 400, 0.002 M spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.91 Å / Num. obs: 32669 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.074 % / Biso Wilson estimate: 32.948 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 24.45 / Num. measured all: 231089 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.767.340.8552.4132310.8860.9299.8
1.76-1.867.0390.5354.2543870.9540.57899.9
1.86-1.966.7580.3028.8135580.980.32799.7
1.96-2.167.2570.1616.4153340.9930.17299.8
2.16-87.0570.03539.99157760.9990.03899.8
8-146.6540.0362.033060.9980.03299.7
14-175.5620.04149.13320.9840.047100
17-504.3560.03843.62450.9960.04393.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YAV

1yav


解像度: 1.7→40.91 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 1631 5 %
Rwork0.1828 30972 -
obs0.1842 32603 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.43 Å2 / Biso mean: 30.9524 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→40.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 96 226 2510
Biso mean--24.29 40.79 -
残基数----276
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.750.40921330.41825302663
1.75-1.810.44431340.386925322666
1.81-1.870.35681330.296925412674
1.87-1.950.28421350.227225492684
1.95-2.030.22751330.189225412674
2.03-2.140.20211350.171525562691
2.14-2.280.20121350.164325642699
2.28-2.450.23711360.176525882724
2.45-2.70.22391360.181225742710
2.7-3.090.21151370.174826062743
3.09-3.890.17231380.157226362774
3.89-40.910.17141460.164427552901
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92670.32820.98751.3410.02372.1166-0.0210.0292-0.0228-0.06710.00410.05310.0371-0.07550.00770.15520.01020.01460.13260.00440.1556-3.283-9.873920.6355
22.28870.03880.93931.4788-0.19772.7868-0.04230.0828-0.0401-0.09850.037-0.0819-0.00760.08930.01580.1780.00410.04870.1385-0.00910.189810.12632.698211.6523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA4 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB10 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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