ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.17.1_3660精密化 | XSCALE | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YAV 解像度: 1.84→41.24 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2509 | 1219 | 5 % |
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Rwork | 0.2023 | 23141 | - |
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obs | 0.2047 | 24360 | 99.16 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 91.83 Å2 / Biso mean: 36.6232 Å2 / Biso min: 17.25 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→41.24 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2177 | 0 | 11 | 175 | 2363 |
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Biso mean | - | - | 59.79 | 43.04 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 275 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.84-1.91 | 0.4189 | 133 | 0.3574 | 2524 | 2657 | 100 | 1.91-2 | 0.313 | 135 | 0.2996 | 2552 | 2687 | 100 | 2-2.1 | 0.2854 | 133 | 0.2422 | 2529 | 2662 | 100 | 2.1-2.23 | 0.2422 | 135 | 0.2149 | 2561 | 2696 | 100 | 2.23-2.41 | 0.2573 | 134 | 0.2107 | 2562 | 2696 | 99 | 2.41-2.65 | 0.2512 | 135 | 0.2086 | 2559 | 2694 | 100 | 2.65-3.03 | 0.2736 | 136 | 0.217 | 2589 | 2725 | 100 | 3.03-3.82 | 0.2433 | 137 | 0.1933 | 2604 | 2741 | 99 | 3.82-41.24 | 0.2186 | 141 | 0.1662 | 2661 | 2802 | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.7181 | 0.5422 | 1.375 | 1.2195 | 0.1633 | 1.5806 | -0.1081 | 0.0746 | -0.004 | -0.1891 | 0.0488 | 0.0371 | -0.0479 | 0.0883 | 0.0362 | 0.2414 | -0.0291 | 0.0309 | 0.206 | 0.0023 | 0.2161 | -3.2872 | -11.0744 | 20.682 | 2 | 1.745 | 0.0136 | 0.8913 | 1.4627 | -0.1603 | 2.9017 | -0.0477 | 0.1808 | -0.0402 | -0.1414 | 0.019 | -0.0908 | -0.0297 | 0.042 | 0.0261 | 0.1709 | -0.0012 | 0.0652 | 0.1642 | -0.0074 | 0.1883 | 10.1791 | 2.6365 | 11.1088 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA3 - 144 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB10 - 142 | | | | |
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