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- PDB-6yj1: The M23 peptidase domain of the Staphylococcal phage 2638A endolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yj1
タイトルThe M23 peptidase domain of the Staphylococcal phage 2638A endolysin
要素ORF007
キーワードVIRAL PROTEIN / zinc metallopeptidase / bacteriophage / endolysin / M23 peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / metalloendopeptidase activity / defense response to bacterium / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ...Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus phage 2638A (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dunne, M. / Ernst, P. / Sobieraj, A. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: (CASP target) Crystal structure of the M23 peptidase domain of Staphylococcal phage 2638A endolysin
著者: Sobieraj, A. / Dunne, M. / Ernst, P. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF007
B: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7044
ポリマ－42,5732
非ポリマー1312
水2,162120
1
A: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3522
ポリマ－21,2861
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ORF007
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3522
ポリマ－21,2861
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.890, 56.380, 110.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 6 through 172 or resid 174))A6 - 171
221(chain 'B' and (resid 6 through 172 or resid 174))B6 - 171

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要素

#1: タンパク質 ORF007


分子量: 21286.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage 2638A (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4ZD58
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.4 Crystallization buffer: 0.2 M sodium chloride, 30 % (v/v) PEG 300, pH 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.43 Å / Num. obs: 17866 / % possible obs: 95.06 % / 冗長度: 6.01 % / Biso Wilson estimate: 29.08 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1612 / Rpim(I) all: 0.0696 / Rrim(I) all: 0.1761 / Net I/σ(I): 7.59
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.5327 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1664 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.235 / Rrim(I) all: 0.585 / % possible all: 89.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2精密化
Cootモデル構築
REFMAC5.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXC

4lxc


解像度: 2.3→39.43 Å / SU ML: 0.2541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.2503
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 888 4.99 %
Rwork0.2513 --
obs0.2543 17795 95.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 2 120 2826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0743744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.32521618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.34561390.26632626X-RAY DIFFRACTION88.51
2.44-2.630.28431420.24842735X-RAY DIFFRACTION93.62
2.63-2.90.3231470.25042811X-RAY DIFFRACTION95.98
2.9-3.320.33171520.27472882X-RAY DIFFRACTION97.31
3.32-4.180.28451490.23272853X-RAY DIFFRACTION96.03
4.18-39.430.3131590.25263000X-RAY DIFFRACTION98.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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