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- PDB-6yhw: Co-crystals in the P212121 space group, of a beta-cyclodextrin sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yhw
タイトルCo-crystals in the P212121 space group, of a beta-cyclodextrin spacered by triazole heptyl from alpha-D-mannose, with FimH lectin at 2.00 A resolution.
要素FimH
キーワードCELL ADHESION / beta-cyclodextrin host-guest interactions inhibitor design
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like ...FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / HEPTANE / alpha-D-mannopyranose / 2H-1,2,3-TRIAZOL-4-YLMETHANOL / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / FimH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.962 Å
データ登録者de Ruyck, J. / Bouckaert, J.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: The Antiadhesive Strategy in Crohn's Disease: Orally Active Mannosides to Decolonize Pathogenic Escherichia coli from the Gut.
著者: Alvarez Dorta, D. / Sivignon, A. / Chalopin, T. / Dumych, T.I. / Roos, G. / Bilyy, R.O. / Deniaud, D. / Krammer, E.M. / de Ruyck, J. / Lensink, M.F. / Bouckaert, J. / Barnich, N. / Gouin, S.G.
#1: ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: Heptyl a-D-mannosides grafted on a b-cyclodextrin core to interfere with Escherichia coli adhesion: an in vivo multivalent effect.
著者: Bouckaert, J. / Li, Z. / Xavier, C. / Almant, M. / Caveliers, V. / Lahoutte, T. / Weeks, S.D. / Kovensky, J. / Gouin, S.G.
#2: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: The Antiadhesive Strategy in Crohn's Disease: Orally Active Mannosides to Decolonize Pathogenic Escherichia coli from the Gut.
著者: Alvarez Dorta, D. / Sivignon, A. / Chalopin, T. / Dumych, T.I. / Roos, G. / Bilyy, R.O. / Deniaud, D. / Krammer, E.M. / de Ruyck, J. / Lensink, M.F. / Bouckaert, J. / Barnich, N. / Gouin, S.G.
#3: ジャーナル: Molecules / 年: 2018
タイトル: Targeting Dynamical Binding Processes in the Design of Non-Antibiotic Anti-Adhesives by Molecular Simulation-The Example of FimH.
著者: Krammer, E.M. / de Ruyck, J. / Roos, G. / Bouckaert, J. / Lensink, M.F.
#4: ジャーナル: Expert Opin Ther Targets / 年: 2017
タイトル: The potential of FimH as a novel therapeutic target for the treatment of Crohn's disease.
著者: Sivignon, A. / Bouckaert, J. / Bernard, J. / Gouin, S.G. / Barnich, N.
#5: Book title: Biophysical Techniques in Drug Discovery / ジャーナル: Biophysical Techniques in Drug Discovery / 年: 2018
タイトル: Chapter 4 Molecular Mechanisms of Drug Action: X-ray Crystallography at the Basis of Structure-based and Ligand-based Drug Design
著者: de Ruyck, J. / Roos, G. / Krammer, E.-M. / Prevost, M. / Lensink, M.F. / Bouckaert, J.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年5月6日ID: 5AB1
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年1月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FimH
B: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,04110
ポリマ－62,9772
非ポリマー3,0658
水6,305350
1
A: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0215
ポリマ－31,4881
非ポリマー1,5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FimH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0215
ポリマ－31,4881
非ポリマー1,5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.282, 68.072, 95.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FimH / FimH protein / Fimbrial protein / Minor component of type 1 fimbriae / Minor fimbrial subunit / D- ...FimH protein / Fimbrial protein / Minor component of type 1 fimbriae / Minor fimbrial subunit / D-mannose specific adhesin / Protein FimH / S-fimbrial protein subunit SfaH / Type 1 fimbria D-mannose specific adhesin FimH / Type 1 fimbrial adhesin


分子量: 31488.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: fimH, fimH_1, fimH_2, fimH_3, sfaH_2, A6581_19835, ACN81_00940, AKG99_10920, AM446_24165, AM464_16260, AUQ13_11280, AWG78_008695, B6V57_25500, B9M99_24715, B9T59_08965, BON65_08035, BON69_ ...遺伝子: fimH, fimH_1, fimH_2, fimH_3, sfaH_2, A6581_19835, ACN81_00940, AKG99_10920, AM446_24165, AM464_16260, AUQ13_11280, AWG78_008695, B6V57_25500, B9M99_24715, B9T59_08965, BON65_08035, BON69_13145, BON76_10045, BON87_19590, BvCms12BK_05011, BvCms2454_04206, C2U48_10910, C5P44_07835, C6B13_05760, CR538_22045, CRX46_08755, D2188_19245, D9G11_20470, D9H70_11375, D9I97_23340, D9J60_03345, DJ503_16470, DNQ45_27015, DS732_03965, DU321_25405, DXT73_23425, E0L12_19135, EC3234A_192c00060, ECONIH1_25860, ECTO6_04155, EIA21_01475, ELV08_23920, EQ830_16720, ERS085383_04267, F0312_06085, F1E19_12715, FNJ69_21090, FNJ83_00985, FV293_11400, FY127_19655, MS6198_50840, MS8345_04977, NCTC10090_02366, NCTC8450_00821, NCTC9045_05036, SAMEA3472056_01232, YDC107_3079
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6JKW3, UniProt: P08191*PLUS

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 354分子

#3: 化合物 ChemComp-TA5 / 2H-1,2,3-TRIAZOL-4-YLMETHANOL / 1H-1,2,3-トリアゾ-ル-4-メタノ-ル


分子量: 99.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.9 % / 解説: large bars
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: FimH (10 mg/mL) with beta-cyclodextrin triazole heptyl a-d-mannose (2 mM). Crystals were equilibrated against a well containing sodium citrate tribasic dihydrate buffer (pH 6.5, 1.6M). Prior ...詳細: FimH (10 mg/mL) with beta-cyclodextrin triazole heptyl a-d-mannose (2 mM). Crystals were equilibrated against a well containing sodium citrate tribasic dihydrate buffer (pH 6.5, 1.6M). Prior to data collection, crystals were cryoprotected with use of reservoir solution containing glycerol (20%) and flash-cooled in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.962→48.348 Å / Num. obs: 29988 / % possible obs: 98.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.962→2.161 Å / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7379 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UWF

1uwf


解像度: 1.962→46.348 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 1514 5.1 %random
Rwork0.2124 ---
obs0.2151 26630 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.962→46.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 204 350 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00632684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8613710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0516478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.85781008
LS精密化 シェル解像度: 1.962→2.025 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3462 --
Rwork0.2991 2498 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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