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万見
- PDB-6yel: Stromal interaction molecule 1 coiled-coil 1 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yel
タイトルStromal interaction molecule 1 coiled-coil 1 fragment
要素Stromal interaction molecule 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Calcium signaling / store-operated Ca2+ entry / CRAC
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cortical endoplasmic reticulum / positive regulation of adenylate cyclase activity / microtubule plus-end binding / plasma membrane raft / regulation of calcium ion transport ...store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cortical endoplasmic reticulum / positive regulation of adenylate cyclase activity / microtubule plus-end binding / plasma membrane raft / regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / detection of calcium ion / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / microtubule / protease binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Stromal interaction molecule 1, SAM domain / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal interaction molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rathner, P. / Cerofolini, L. / Ravera, E. / Bechmann, M. / Grabmayr, H. / Fahrner, M. / Fragai, M. / Romanin, C. / Luchinat, C. / Mueller, N.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
Austrian Science FundW1250 オーストリア
European Commission653706
European Regional Development FundEFRE RU2-EU-124/100-2010
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Interhelical interactions within the STIM1 CC1 domain modulate CRAC channel activation.
著者: Rathner, P. / Fahrner, M. / Cerofolini, L. / Grabmayr, H. / Horvath, F. / Krobath, H. / Gupta, A. / Ravera, E. / Fragai, M. / Bechmann, M. / Renger, T. / Luchinat, C. / Romanin, C. / Muller, N.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal interaction molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9231
ポリマ－13,9231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stromal interaction molecule 1


分子量: 13922.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STIM1, GOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13586

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic43D HNCA
151isotropic43D HN(CA)CB
161isotropic43D HN(CO)CA
181isotropic13D 1H-15N TOCSY
171isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
1101isotropic3CON
1111isotropic3CBCACON
1121isotropic3CANCO
1131isotropic3CACO
1141isotropic3CBCACO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] STIM1 CC1, 20 mM TRIS, 7 mM [U-13C] SDS, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-99% 2H] H2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMSTIM1 CC1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
7 mMSDS[U-13C]1
90 % v/vH2Onatural abundance1
10 % v/vD2O[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 0.02 M / Label: conditions_1 / pH: 7.25 / 圧: 1 atm / 温度: 310.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7004
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5, 3.6, 4.0Bruker Biospincollection
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAElmar Krieger Jacobus van Meel精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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