PDB-6ycd: Structure the ananain protease from Ananas comosus covalently bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ycd

タイトル

Structure the ananain protease from Ananas comosus covalently bound to the TLCK inhibitor

要素

Ananain

キーワード

HYDROLASE / cysteine protease / stem bromelain protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ananain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Ananas comosus (アナナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Azarkan, M. / Charlier, P. / Herman, R. / Delbrassine, F. / Sauvage, E. / M Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Kerff, F.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structures of the free and inhibitors-bound forms of bromelain and ananain from Ananas comosus stem and in vitro study of their cytotoxicity.
著者: Azarkan, M. / Maquoi, E. / Delbrassine, F. / Herman, R. / M'Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Charlier, P. / Kerff, F.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ycd.cif.gz	270.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ycd.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ycd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ycd_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ycd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ycd_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	6ycd_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y6lSC 6ycbC 6yccC 6yceC 6ycfC 6ycgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y6l-1 6y6l-2 6ycb-2 6ycc-2 5mqy-d 3hwn-1 4yys-1 3bc3-1 6mis-2 5tun-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Ananain

B: Ananain

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ananain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ananain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.390, 58.420, 119.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ananain 分子量: 23452.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ananas comosus (アナナス) / 参照: UniProt: P80884, ananain
#2: 化合物	ChemComp-TCK / N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide / Tos-Lys-CH2Cl / TLCK タイプ: peptide-like / 分子量: 332.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁ClN₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.5 M Li2SO4, 0.1 M citrate pH 5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.344→119.256 Å / Num. all: 104486 / Num. obs: 104486 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.059 / R_sym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 7 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 674749

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.344-1.42	5.4	0.599	1.3	14723	0.281	0.664	0.599	96
1.42-1.5	6.5	0.38	2	14484	0.161	0.413	0.38	99.8
1.5-1.61	6.6	0.233	3.3	13526	0.098	0.253	0.233	99.7
1.61-1.74	6.7	0.148	5	12698	0.061	0.16	0.148	99.8
1.74-1.9	6.7	0.1	7.2	11658	0.042	0.108	0.1	99.8
1.9-2.13	6.7	0.067	9.7	10554	0.028	0.073	0.067	99.9
2.13-2.45	6.6	0.054	11.7	9368	0.023	0.059	0.054	99.9
2.45-3.01	6.6	0.047	12.5	7881	0.02	0.051	0.047	99.9
3.01-4.25	6.5	0.039	14.5	6168	0.016	0.042	0.039	99.8
4.25-41.756	6.5	0.033	15.3	3426	0.014	0.036	0.033	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y6L

6y6l

解像度: 1.35→39.678 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1488	5169	5 %
R_work	0.1188	-	-
obs	0.1203	103368	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.43 Å² / B_iso mean: 20.2641 Å² / B_iso min: 8.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.35→39.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3284	0	111	449	3844
B_iso mean	-	-	30.3	32.24	-
残基数	-	-	-	-	430

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.35-1.3653	0.28	161	0.2239	3149	95
1.3653-1.3814	0.2436	174	0.1991	3263	99
1.3814-1.3982	0.2286	155	0.1735	3209	100
1.3982-1.4159	0.2074	179	0.1647	3287	100
1.4159-1.4346	0.191	175	0.1551	3281	100
1.4346-1.4542	0.1885	175	0.1444	3224	100
1.4542-1.475	0.1871	165	0.1305	3289	100
1.475-1.497	0.1655	161	0.1244	3323	100
1.497-1.5204	0.1671	158	0.1156	3184	100
1.5204-1.5453	0.1548	185	0.1055	3281	100
1.5453-1.572	0.1736	155	0.1105	3300	100
1.572-1.6006	0.1535	157	0.1056	3244	100
1.6006-1.6313	0.1657	180	0.1011	3305	100
1.6313-1.6646	0.1352	159	0.0944	3253	100
1.6646-1.7008	0.1341	188	0.0917	3272	100
1.7008-1.7404	0.1417	183	0.0945	3263	100
1.7404-1.7839	0.1267	152	0.093	3278	100
1.7839-1.8322	0.121	178	0.0872	3283	100
1.8322-1.8861	0.1313	181	0.0878	3262	100
1.8861-1.9469	0.1022	172	0.0862	3272	100
1.9469-2.0165	0.1281	166	0.0867	3306	100
2.0165-2.0973	0.1155	176	0.0861	3255	100
2.0973-2.1927	0.1169	174	0.0909	3279	100
2.1927-2.3083	0.1106	192	0.0945	3276	100
2.3083-2.4529	0.1333	194	0.1006	3284	100
2.4529-2.6423	0.1298	159	0.1109	3297	100
2.6423-2.9081	0.1548	182	0.1244	3281	100
2.9081-3.3287	0.1351	161	0.13	3304	100
3.3287-4.1931	0.1598	162	0.1272	3350	100
4.1931-39.678	0.1907	210	0.1774	3345	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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