PDB-6ybx: RT structure of Thaumatin obtained at 1.14 A resolution from crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ybx

タイトル

RT structure of Thaumatin obtained at 1.14 A resolution from crystal grown in a Mylar microchip.

要素

Thaumatin-1

キーワード

PLANT PROTEIN / SWEET TASTING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Attaining atomic resolution from in situ data collection at room temperature using counter-diffusion-based low-cost microchips.
著者: Gavira, J.A. / Rodriguez-Ruiz, I. / Martinez-Rodriguez, S. / Basu, S. / Teychene, S. / McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckman, C.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ybx.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ybx.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ybx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ybx_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ybx_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	6ybx_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6ybx_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ybfC 6ybiC 6yboC 6ybrC 6yc5C 1thwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5x9m-d 5lmh-d 3zej-d 4ekt-d 5lh7-d 5a0l-1 5lh1-d 6c6w-d 5k7q-d 4dc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin-1

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.570, 58.570, 151.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 / Thaumatin I 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 / 詳細: 20% w/v NaK Tartrate / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.5 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日詳細: Be CRL lenses for vertical focusing and Rh/Pt/Si coated ellipitcal mirror for horizontal focusing
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→46.34 Å / Num. obs: 89815 / % possible obs: 92.35 % / 冗長度: 31.69 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.14→1.18 Å / Num. unique obs: 5094 / CC_1/2: 0.791

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1THW

1thw

解像度: 1.14→46.34 Å / SU ML: 0.1525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.4692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1571	4491	5.01 %
R_work	0.1352	85198	-
obs	0.1363	89689	92.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	11	130	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	1890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.271	2606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1049	271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8941	1259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.4261	72	0.426	1321	X-RAY DIFFRACTION	43.81
1.15-1.17	0.4684	82	0.4345	1562	X-RAY DIFFRACTION	51.71
1.17-1.18	0.3634	99	0.4207	1853	X-RAY DIFFRACTION	61.35
1.18-1.19	0.4088	117	0.393	2215	X-RAY DIFFRACTION	72.67
1.19-1.21	0.3946	142	0.3839	2689	X-RAY DIFFRACTION	90.27
1.21-1.23	0.3333	143	0.3607	2727	X-RAY DIFFRACTION	89.55
1.23-1.24	0.3426	145	0.3536	2736	X-RAY DIFFRACTION	89.86
1.24-1.26	0.3368	144	0.3399	2742	X-RAY DIFFRACTION	90.95
1.26-1.28	0.3379	145	0.3138	2756	X-RAY DIFFRACTION	90.15
1.28-1.3	0.2748	146	0.2842	2772	X-RAY DIFFRACTION	91.47
1.3-1.33	0.2906	156	0.2393	2957	X-RAY DIFFRACTION	97.13
1.33-1.35	0.2515	159	0.1942	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.35-1.38	0.1954	159	0.148	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.38-1.4	0.1748	161	0.1267	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.4-1.44	0.128	160	0.108	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.44-1.47	0.1232	161	0.101	3055	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.47-1.51	0.1341	161	0.0928	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.51-1.55	0.1029	160	0.0879	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.55-1.59	0.1235	161	0.0926	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.59-1.64	0.0922	161	0.0861	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.64-1.7	0.1145	162	0.0847	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1095	164	0.085	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.85	0.1145	161	0.0918	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.116	163	0.0934	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.1172	164	0.0995	3098	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.07-2.23	0.1222	165	0.1085	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.45	0.1486	164	0.1204	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.81	0.165	166	0.1453	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.54	0.1712	168	0.1428	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-46.34	0.1461	180	0.127	3403	X-RAY DIFFRACTION	99.97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)