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- PDB-6ybm: Scaffold-ligand complex with ligand unmodelled. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybm
タイトルScaffold-ligand complex with ligand unmodelled.
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE / N/A
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation ...: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / cellular response to calcium ion / response to ischemia / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Lian, L.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Scaffold-ligand complex with ligand unmodelled.
著者: Zacharchenko, T. / Lian, L.Y.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年4月15日ID: 6GJX
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7287
ポリマ－53,3503
非ポリマー3784
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.521, 58.635, 103.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.852, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-444-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17783.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→62.7 Å / Num. obs: 118357 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 16.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / Num. unique obs: 8731 / CC1/2: 0.671 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CBT

5cbt


解像度: 1.41→62.7 Å / SU ML: 0.1965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.7342
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 5831 4.94 %
Rwork0.1779 --
obs0.1796 118024 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→62.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 25 527 4272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.53931424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.430.38662100.32883578X-RAY DIFFRACTION95.97
1.43-1.440.32542000.30433657X-RAY DIFFRACTION97.52
1.44-1.460.30521930.27043663X-RAY DIFFRACTION98.64
1.46-1.480.29382070.26533681X-RAY DIFFRACTION99.18
1.48-1.50.29771870.26183755X-RAY DIFFRACTION99.55
1.5-1.520.29242040.25343672X-RAY DIFFRACTION99.56
1.52-1.540.33082130.24283751X-RAY DIFFRACTION99.6
1.54-1.560.30651610.23483722X-RAY DIFFRACTION99.59
1.56-1.590.27351990.21883748X-RAY DIFFRACTION99.75
1.59-1.610.28161950.21173771X-RAY DIFFRACTION99.87
1.61-1.640.2471930.20223700X-RAY DIFFRACTION99.74
1.64-1.670.3081990.19913714X-RAY DIFFRACTION99.85
1.67-1.70.28971860.2013744X-RAY DIFFRACTION99.82
1.7-1.740.25982020.20413743X-RAY DIFFRACTION99.8
1.74-1.780.24011910.18853789X-RAY DIFFRACTION99.65
1.78-1.820.21271740.19073690X-RAY DIFFRACTION99.56
1.82-1.860.26351700.19293780X-RAY DIFFRACTION99.62
1.86-1.910.21931900.18133747X-RAY DIFFRACTION99.7
1.91-1.970.2142110.16663738X-RAY DIFFRACTION99.87
1.97-2.030.1942160.16373708X-RAY DIFFRACTION99.59
2.03-2.110.22092080.16133738X-RAY DIFFRACTION99.85
2.11-2.190.21051740.15813774X-RAY DIFFRACTION99.55
2.19-2.290.19812120.15493717X-RAY DIFFRACTION99.47
2.29-2.410.19881980.16223757X-RAY DIFFRACTION99.95
2.41-2.560.19432200.16453772X-RAY DIFFRACTION99.8
2.56-2.760.20061930.16853739X-RAY DIFFRACTION99.82
2.76-3.040.18941610.16993795X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.480.18081670.16083851X-RAY DIFFRACTION99.78
3.48-4.380.16371760.15573814X-RAY DIFFRACTION99.85
4.38-62.70.18482210.17683885X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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