PDB-6yb0: Crystal structure of a parallel hexameric coiled coil CC-Type2-(TaSd)2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yb0

タイトル

Crystal structure of a parallel hexameric coiled coil CC-Type2-(TaSd)2

要素

CC-Type2-(TaSd)2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / alpha-helical barrel / de novo peptide / coiled coil / designed peptide / designed protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Scott, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764/1	英国
European Research Council (ERC)	340764	英国
European Research Council (ERC)	787173	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/J009784/1	英国

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2021
タイトル: Constructing ion channels from water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Scott, A.J. / Niitsu, A. / Kratochvil, H.T. / Lang, E.J.M. / Sengel, J.T. / Dawson, W.M. / Mahendran, K.R. / Mravic, M. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Liu, L. / Mulholland, A.J. / Bayley, H. ...

履歴

登録	2020年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yb0.cif.gz	177.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yb0.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yazC 6yb1C 6yb2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yaz-1 6yaz-2 6g6h-d 4uot-d 7k3g-d 6j02-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(TaSd)2

B: CC-Type2-(TaSd)2

C: CC-Type2-(TaSd)2

D: CC-Type2-(TaSd)2

E: CC-Type2-(TaSd)2

F: CC-Type2-(TaSd)2

G: CC-Type2-(TaSd)2

H: CC-Type2-(TaSd)2

I: CC-Type2-(TaSd)2

J: CC-Type2-(TaSd)2

K: CC-Type2-(TaSd)2

L: CC-Type2-(TaSd)2

47 kDa, 12 ポリマー
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1

A: CC-Type2-(TaSd)2

B: CC-Type2-(TaSd)2

C: CC-Type2-(TaSd)2

D: CC-Type2-(TaSd)2

E: CC-Type2-(TaSd)2

F: CC-Type2-(TaSd)2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
23.5 kDa, 6 ポリマー
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2

G: CC-Type2-(TaSd)2

H: CC-Type2-(TaSd)2

I: CC-Type2-(TaSd)2

J: CC-Type2-(TaSd)2

K: CC-Type2-(TaSd)2

L: CC-Type2-(TaSd)2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.404, 81.566, 90.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
2	1	(chain B and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
3	1	(chain C and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
4	1	(chain D and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
5	1	(chain E and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
6	1	(chain F and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
7	1	(chain G and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
8	1	(chain H and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
9	1	(chain I and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
10	1	(chain J and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
11	1	(chain K and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))
12	1	(chain L and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain A and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	A	A	1 - 25	2 - 26
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain A and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	A	A	27 - 36	28 - 37
2	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain B and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	B	B	1 - 25	2 - 26
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	B	B	27 - 36	28 - 37
3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain C and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	C	C	1 - 25	2 - 26
3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain C and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	C	C	27 - 36	28 - 37
4	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain D and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	D	D	1 - 25	2 - 26
4	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain D and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	D	D	27 - 36	28 - 37
5	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain E and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	E	E	1 - 25	2 - 26
5	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain E and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	E	E	27 - 36	28 - 37
6	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain F and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	F	F	1 - 25	2 - 26
6	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain F and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	F	F	27 - 36	28 - 37
7	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain G and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	G	G	1 - 25	2 - 26
7	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain G and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	G	G	27 - 36	28 - 37
8	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain H and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	H	H	1 - 25	2 - 26
8	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain H and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	H	H	27 - 36	28 - 37
9	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain I and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	I	I	1 - 25	2 - 26
9	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain I and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	I	I	27 - 36	28 - 37
10	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain J and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	J	J	1 - 25	2 - 26
10	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain J and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	J	J	27 - 36	28 - 37
11	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain K and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	K	K	1 - 25	2 - 26
11	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain K and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	K	K	27 - 36	28 - 37
12	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain L and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	L	L	1 - 25	2 - 26
12	2	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain L and (resid 1 through 25 or resid 27 through 36))	L	L	27 - 36	28 - 37

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(TaSd)2 分子量: 3913.496 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5 M NaCl, 0.05 M BIS-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91974 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91974 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→81.6 Å / Num. obs: 48308 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / R_merge(I) obs: 2.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 2272 / CC_1/2: 0.431 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Parametric Model

解像度: 1.86→60.63 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	2311	4.8 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1912	48192	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.48 Å² / B_iso mean: 44.002 Å² / B_iso min: 20.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.86→60.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3256	0	0	296	3552
B_iso mean	-	-	-	49.02	-
残基数	-	-	-	-	442

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	2	B	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	3	C	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	4	D	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	5	E	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	6	F	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	7	G	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	8	H	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	9	I	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	10	J	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	11	K	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL
1	12	L	1936	X-RAY DIFFRACTION	7.074	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.86-1.9	0.4152	128	0.3438	2575	2703	96
1.9-1.94	0.3221	142	0.3012	2640	2782	100
1.94-1.98	0.3023	147	0.266	2638	2785	100
1.98-2.03	0.2637	128	0.2235	2689	2817	100
2.03-2.09	0.2049	141	0.2092	2651	2792	100
2.09-2.15	0.2566	142	0.2098	2684	2826	100
2.15-2.22	0.2173	123	0.1959	2684	2807	100
2.22-2.3	0.2121	156	0.188	2645	2801	100
2.3-2.39	0.2262	157	0.1925	2681	2838	100
2.39-2.5	0.2486	139	0.1925	2665	2804	100
2.5-2.63	0.1638	128	0.1613	2728	2856	100
2.63-2.79	0.2041	125	0.1674	2705	2830	100
2.79-3.01	0.2093	112	0.1853	2750	2862	100
3.01-3.31	0.2225	139	0.1772	2719	2858	100
3.31-3.79	0.1997	153	0.1829	2729	2882	100
3.79-4.78	0.2106	119	0.1604	2793	2912	100
4.78-60.63	0.2893	132	0.2099	2905	3037	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9002	0.723	2.2283	3.1803	1.8615	5.0444	0.0909	0.2885	-0.2415	0.1055	0.1788	-0.0282	0.3375	0.3059	-0.3401	0.2229	0.004	0.026	0.1904	0.0068	0.2262	86.2758	79.6931	97.1402
2	4.2113	1.9884	2.9485	3.125	2.7225	5.4132	-0.2105	0.4775	-0.0404	-0.3206	0.179	0.142	-0.2058	0.265	-0.0911	0.2715	-0.0233	0.0029	0.2722	0.0159	0.2454	87.3764	84.6825	90.5769
3	4.2776	2.4159	1.6129	4.1646	1.8527	3.905	-0.3959	0.3875	0.3667	-0.7152	0.0811	0.4885	-0.4548	-0.0365	0.2788	0.3403	0.0272	-0.0416	0.2402	0.021	0.2754	82.8002	91.2227	89.7587
4	5.146	2.789	2.5798	4.548	2.3964	4.3619	-0.0307	-0.3391	0.1525	-0.5303	-0.3834	0.4938	-0.276	-0.5345	0.4841	0.2584	0.0709	-0.0489	0.2575	-0.0404	0.3229	76.2728	92.2268	94.5846
5	2.0886	1.6217	1.1634	4.1023	2.7586	3.853	0.1145	-0.096	0.0963	0.3231	-0.4131	0.6018	0.3564	-0.5351	0.3196	0.2259	-0.019	0.0174	0.2863	-0.0553	0.3752	74.7499	86.9304	100.5223
6	2.011	2.2197	2.0534	5.0912	2.2315	4.4413	0.2157	-0.0775	-0.2758	0.4115	-0.1518	-0.0038	0.596	-0.4508	0.0105	0.2169	-0.0407	0.0449	0.2644	0.0009	0.3124	79.785	80.3571	101.6359
7	4.3833	-2.2184	2.741	4.5214	-1.9425	4.702	-0.5138	-0.4469	0.2046	0.434	0.2474	0.0515	-0.6993	-0.3537	0.3252	0.3166	0.0051	-0.0062	0.2562	-0.0373	0.2648	101.667	101.7678	79.1815
8	3.9021	-1.626	1.7405	3.1705	-2.2458	4.2496	-0.0541	-0.2787	-0.2151	0.1411	0.2322	0.3299	-0.3652	-0.4593	-0.0903	0.2471	0.0262	0.021	0.2289	-0.0367	0.1994	95.6758	96.7478	80.3943
9	3.0897	-0.6098	2.0384	3.264	-2.62	3.8222	0.1999	-0.0804	-0.1181	-0.3685	0.0415	0.3272	0.4172	-0.3953	-0.265	0.2434	0.0208	0.0025	0.2698	-0.038	0.2213	94.6132	90.4705	74.7515
10	3.0682	-1.9607	2.1582	4.4675	-2.2176	4.1073	0.1768	0.2415	0.0524	-0.6332	-0.2684	-0.083	0.4832	0.1732	-0.0268	0.2693	0.007	-0.0045	0.2501	-0.0432	0.2326	99.9639	89.5345	68.7027
11	4.371	-1.462	1.4847	4.7261	-2.3514	4.4105	0.0128	0.4907	0.2332	-0.2315	-0.3859	-0.4575	0.0324	0.5162	0.3469	0.1921	-0.0112	0.0172	0.2509	-0.0318	0.2051	106.327	94.5215	68.1298
12	4.7003	-1.2632	2.2326	5.0609	-2.6859	4.3825	-0.1655	0.1896	0.6825	-0.0144	-0.2232	-0.4268	-0.3187	0.0679	0.4395	0.2125	-0.0263	-0.0178	0.2035	-0.0219	0.2433	106.8808	100.8387	73.1277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 37 )	A	1 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 36 )	B	1 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 37 )	C	1 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 37 )	D	1 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 37 )	E	1 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 36 )	F	1 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 1 through 37 )	G	1 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 37 )	H	1 - 37
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 1 through 37 )	I	1 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J' and (resid 1 through 37 )	J	1 - 37
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K' and (resid 1 through 37 )	K	1 - 37
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 1 through 37 )	L	1 - 37

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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