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- PDB-6ya5: 2009 H1N1 PA Endonuclease in complex with LU2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ya5
タイトル2009 H1N1 PA Endonuclease in complex with LU2
要素Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / polymerase / endonuclease / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LU2 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Radilova, K. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2015064 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729 チェコ
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Unraveling the anti-influenza effect of flavonoids: Experimental validation of luteolin and its congeners as potent influenza endonuclease inhibitors.
著者: Zima, V. / Radilova, K. / Kozisek, M. / Albinana, C.B. / Karlukova, E. / Brynda, J. / Fanfrlik, J. / Flieger, M. / Hodek, J. / Weber, J. / Majer, P. / Konvalinka, J. / Machara, A.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年3月17日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0139
ポリマ－21,1211
非ポリマー8928
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.069, 74.069, 127.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

HOH

21A-379-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein,Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 21121.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal of PA subunit of influenza A polymerase
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C3W5X6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 8種, 88分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin / ルテオリン


分子量: 286.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 1000, PEG 3350, Sodium HEPES, MOPS (acid), Magnesium chloride, Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.57 Å / Num. obs: 24833 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5.233 % / Biso Wilson estimate: 41.742 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rrim(I) all: 0.034 / Χ2: 1.401 / Net I/σ(I): 27.74 / Num. measured all: 129940
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.122.3240.5081.647575425232590.6880.63376.6
2.12-2.273.5380.2993.4813241401137430.8960.3593.3
2.27-2.453.8430.1955.7313597376235380.9590.22794
2.45-2.683.960.1249.7813126343433150.9830.14396.5
2.68-34.6140.07717.0714239311030860.9950.08699.2
3-3.467.4850.04341.8920576275027490.9990.046100
3.46-4.238.6990.02674.29202342326232610.027100
4.23-5.959.9220.0294.3179481809180910.021100
5.95-42.579.3290.016105.8294041016100810.01799.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CGV

5cgv


解像度: 2→42.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2401 / WRfactor Rwork: 0.1833 / FOM work R set: 0.7906 / SU B: 5.685 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.1999 / SU Rfree: 0.1885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 699 5 %RANDOM
Rwork0.2023 ---
obs0.2053 13266 95.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.1 Å2 / Biso mean: 43.244 Å2 / Biso min: 22.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 58 80 1578
Biso mean--41.8 45.17 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.9722053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05533204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.92423.10874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19315263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0941513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02361
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 36 -
Rwork0.336 676 -
all-712 -
obs--68.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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