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万見
- PDB-6y9m: Crystal structure of TSWV glycoprotein N ectodomain (sGn) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9m
タイトルCrystal structure of TSWV glycoprotein N ectodomain (sGn)
要素Glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope protein / attachment / viral entry / receptor binding / viral assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein precursor/M polyprotein precursor, Tospovirus type / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato spotted wilt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dessau, M. / Bahat, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of tomato spotted wilt virus G N reveals a dimer complex formation and evolutionary link to animal-infecting viruses
著者: Bahat, Y. / Alter, J. / Dessau, M.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
B: Glycoprotein
C: Glycoprotein
D: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,96418
ポリマ－126,5274
非ポリマー4,43714
水1267
1
A: Glycoprotein
D: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1518
ポリマ－63,2642
非ポリマー1,8886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
2
B: Glycoprotein
C: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,81310
ポリマ－63,2642
非ポリマー2,5498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.200, 218.200, 145.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glycoprotein


分子量: 31631.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato spotted wilt virus (strain Brazilian BR-01) (ウイルス)
遺伝子: Gn, Gc / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A3G1GK10, UniProt: P36291*PLUS

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 4000 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.03961 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.16 Å / Num. obs: 36920 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 39.604 % / Biso Wilson estimate: 158.007 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 20.04 / Num. measured all: 1462177 / Scaling rejects: 2250
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.4-3.4529.6577.8160.645761157715430.4327.95197.8
3.45-3.541.9566.270.9361465147314650.5536.34699.5
3.5-3.5541.8235.4041.157758138413810.615.46999.8
3.55-3.641.5174.5311.3854802132513200.714.58699.6
3.6-3.740.7923.6681.6799656245024430.7773.71499.7
3.7-3.840.132.7022.2286761216621620.8022.73699.8
3.8-437.6721.7833.34140744374237360.9081.80799.8
4-4.541.6770.6629.46279321670567020.9910.67100
4.5-540.6730.25722.07175831432443230.9980.26100
5-5.538.8540.18727.83112598290028980.9980.1999.9
5.5-641.9990.15233.585174202820280.9990.154100
6-740.3420.10444.38101300251125110.9990.105100
7-835.4180.07255.9650966144014390.9990.07399.9
8-940.1070.05871.913405184984910.059100
9-1038.9650.05573.872240557557510.056100
10-2035.20.05571.56474151352134710.05599.6
20-49.1631.1570.05767.8561692171980.9990.05891.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y9L

6y9l


解像度: 3.4→49.16 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 1840 4.99 %
Rwork0.2593 35004 -
obs0.2605 36844 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 370.12 Å2 / Biso mean: 159.3377 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6148 0 286 7 6441
Biso mean--237.59 113.08 -
残基数----791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.490.41831260.42252617274398
3.49-3.590.42451370.37926542791100
3.59-3.710.39571540.362326772831100
3.71-3.840.33581280.333826842812100
3.84-40.34771410.317426532794100
4-4.180.29521240.27427142838100
4.18-4.40.27171360.243326562792100
4.4-4.670.21461540.216626812835100
4.67-5.030.23081240.202527082832100
5.04-5.540.29071650.234426962861100
5.54-6.340.26511420.269627132855100
6.34-7.980.29611540.264127312885100
7.99-49.160.27251550.24822820297599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 136.5262 Å / Origin y: 67.1446 Å / Origin z: 54.6466 Å
111213212223313233
T0.9248 Å2-0.2282 Å20.1294 Å2-0.9359 Å2-0.0072 Å2--1.0064 Å2
L0.065 °2-0.5582 °2-0.0678 °2-0.3435 °20.3004 °2--0.5952 °2
S0.1689 Å °0.0459 Å °-0.0015 Å °-0.0117 Å °-0.116 Å °-0.0182 Å °-0.1283 Å °-0.1089 Å °0.1609 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA110 - 304
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 512
3X-RAY DIFFRACTION1allB110 - 310
4X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 510
5X-RAY DIFFRACTION1allC108 - 303
6X-RAY DIFFRACTION1allC501 - 512
7X-RAY DIFFRACTION1allD110 - 308
8X-RAY DIFFRACTION1allD501 - 504
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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