PDB-6y9k: Esterase EST8 with transacylase activity

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y9k

タイトル

Esterase EST8 with transacylase activity

要素

Esterase Est8

キーワード

HYDROLASE / AB Hydrolase / Transacetylase / Transacylase

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Lammers, M. / Berndt, L.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Sequence-Based Prediction of Promiscuous Acyltransferase Activity in Hydrolases.
著者: Muller, H. / Becker, A.K. / Palm, G.J. / Berndt, L. / Badenhorst, C.P.S. / Godehard, S.P. / Reisky, L. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.

履歴

登録	2020年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y9k.cif.gz	235.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y9k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xvcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ckn-1 2eu8-d 2ri1-d 6gxl-d 4y6u-1 2osb-d 4rpc-d 6gxf-d 3dl0-d 6qi0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Esterase Est8

BBB: Esterase Est8

CCC: Esterase Est8

DDD: Esterase Est8

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Esterase Est8

BBB: Esterase Est8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Esterase Est8

DDD: Esterase Est8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.173, 78.180, 112.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Esterase Est8 分子量: 32465.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: hormone-sensitive lipase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 29% PEG 4000, 0.1 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→49.5 Å / Num. obs: 59126 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.19 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.298→2.43 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 9359 / R_sym value: 1.29 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
XDS	Jan 26, 2018	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4xvc

4xvc

解像度: 2.298→49.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.485 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2389	1491	2.524 %	Random selection
R_work	0.2051	-	-	-
all	0.206	-	-	-
obs	-	59075	99.066 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.953 Å²	0 Å²	0.545 Å²
2-	-	-2.768 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→49.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8828	0	0	179	9007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	9036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.642	12281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	1.576	20071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.281	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.414	22	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.387	15	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.88	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	8085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.173	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.08	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.117	4.418	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.117	4.418	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.683	6.617	5937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.683	6.617	5938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.65	4.73	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.65	4.73	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.542	6.897	6341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.542	6.897	6341
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.783	52.743	10032
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.768	52.74	10018

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.298-2.358	0.392	108	0.349	4172	0.35	4326	0.452	0.47	98.9367	0.333
2.358-2.422	0.35	107	0.332	4127	0.332	4246	0.547	0.56	99.7174	0.314
2.422-2.492	0.343	105	0.33	4049	0.331	4168	0.653	0.666	99.6641	0.312
2.492-2.569	0.341	101	0.31	3902	0.311	4021	0.729	0.746	99.5524	0.29
2.569-2.653	0.337	98	0.28	3777	0.281	3897	0.775	0.813	99.4355	0.253
2.653-2.745	0.365	95	0.261	3684	0.264	3801	0.787	0.839	99.4212	0.232
2.745-2.849	0.301	92	0.257	3541	0.258	3648	0.845	0.853	99.5888	0.229
2.849-2.965	0.24	89	0.222	3429	0.223	3538	0.886	0.885	99.4347	0.195
2.965-3.096	0.231	84	0.206	3260	0.206	3369	0.922	0.918	99.2579	0.181
3.096-3.246	0.262	79	0.199	3053	0.2	3250	0.907	0.935	96.3692	0.18
3.246-3.421	0.222	76	0.205	2929	0.205	3090	0.939	0.94	97.2492	0.191
3.421-3.628	0.24	72	0.2	2798	0.201	2885	0.936	0.945	99.4801	0.187
3.628-3.877	0.208	69	0.174	2677	0.175	2756	0.95	0.959	99.6372	0.165
3.877-4.185	0.182	65	0.158	2493	0.159	2564	0.958	0.963	99.766	0.153
4.185-4.581	0.154	60	0.142	2303	0.142	2370	0.97	0.968	99.7046	0.141
4.581-5.116	0.202	53	0.155	2076	0.156	2138	0.96	0.968	99.579	0.157
5.116-5.897	0.179	48	0.151	1834	0.152	1901	0.975	0.971	99.0005	0.15
5.897-7.197	0.211	38	0.146	1494	0.147	1612	0.948	0.972	95.0372	0.147
7.197-10.073	0.169	33	0.13	1244	0.131	1277	0.962	0.977	100	0.143
10.073-49.469	0.277	19	0.274	729	0.274	749	0.951	0.939	99.8665	0.354

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関連情報:EMDBヘッダ

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