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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y8w | ||||||
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タイトル | Rhodospirillum rubrum reduced CooT solution structure | ||||||
要素 | CooT | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / NICKEL-BINDING PROTEIN / ANAEROBIC METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | CO dehydrogenase accessory protein CooT / CO dehydrogenase accessory protein CooT / CooT 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodospirillum rubrum (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Chagot, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Rhodospirillum rubrum reduced CooT solution structure 著者: Chagot, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y8w.cif.gz | 806.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y8w.ent.gz | 684.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6y8w_validation.pdf.gz | 410.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6y8w_full_validation.pdf.gz | 553.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6y8w_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6y8w_validation.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7403.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 遺伝子: cooT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72320 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] CooT, 90% H2O/10% D2O, 5 mM EDTA, 0.5 mM TCEP Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: CooT / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 0.1 M / Label: conditions_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |