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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y5u | ||||||
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タイトル | MenT3 (aka TglT), nucleotidyltransferase toxin Rv1045 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Rv1045 | ||||||
![]() | TOXIN / Nucleotidyltransferase Toxin-antitoxin system Mycobacterium tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / metal ion binding / Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blower, T.R. / Usher, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A nucleotidyltransferase toxin inhibits growth of Mycobacterium tuberculosis through inactivation of tRNA acceptor stems. 著者: Cai, Y. / Usher, B. / Gutierrez, C. / Tolcan, A. / Mansour, M. / Fineran, P.C. / Condon, C. / Neyrolles, O. / Genevaux, P. / Blower, T.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31978.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv1045 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Calcium Acetate Hydrate 0.1 M Tris pH 8.5 25% w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→52.97 Å / Num. obs: 49008 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.57 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.647 Å / Num. unique obs: 4834 / CC1/2: 0.672 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→52.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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