PDB-6y5m: Crystal structure of mouse Autotaxin in complex with compound 1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y5m

タイトル

Crystal structure of mouse Autotaxin in complex with compound 1a

要素

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Zinc binding Hydrolase activity Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

dinucleotide phosphatase activity /

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis /

lysophospholipase activity /

phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity /

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity /

polysaccharide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.011 Å

データ登録者

Faller, M. / Zink, F.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Development of autotaxin inhibitors: A series of tetrazole cinnamides.
著者: Thomson, C.G. / Le Grand, D. / Dowling, M. / Beattie, D. / Elphick, L. / Faller, M. / Freeman, M. / Hardaker, E. / Head, V. / Hemmig, R. / Hill, J. / Lister, A. / Pascoe, D. / Rieffel, S. / ...

履歴

登録	2020年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y5m.cif.gz	339.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y5m.ent.gz	269.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nkmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nkq-d 3wax-d 3nkp-d 5dlv-1 3waw-d 5l0b-1 5l0k-2 5m0d-d 5m0e-d 5lqq-d 5dlv-2 5ohi-d 3nkr-d 5mhp-d 5l0b-2 5l0e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

97.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.257, 61.199, 67.827
Angle α, β, γ (deg.)	87.55, 73.05, 80.76
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 95547.203 Da / 分子数: 1 / 変異: D743N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletion(571-574) D743N mutation / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 95547.203 Da / 分子数: 1 / 変異: D743N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletion(571-574) D743N mutation / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9R1E6,

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 499分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-O9W / (~{E})-3-[4-chloranyl-2-[(5-methyl-1,2,3,4-tetrazol-2-yl)methyl]phenyl]-1-[(2~{R})-4-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-methyl-piperazin-1-yl]prop-2-en-1-one 分子量: 468.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆ClFN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3,350 , 0.2M Lithium Nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.011→57.89 Å / Num. obs: 56903 / % possible obs: 91.97 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.43
反射シェル	解像度: 2.011→2.083 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 5750 / CC_1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7 (6-FEB-2020)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NKM

3nkm

解像度: 2.011→57.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.163 / SU R_free Blow DPI: 0.138 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.138

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1947	2731	-	RANDOM
R_work	0.1649	-	-	-
obs	0.1664	56902	92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.4396 Å²	-1.5601 Å²	1.0182 Å²
2-	-	-0.6847 Å²	6.1894 Å²
3-	-	-	-7.7549 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.011→57.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6109	0	146	489	6744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	6485	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.92	8878	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2121	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1094	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6485	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		861	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5625	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.36

LS精密化シェル

解像度: 2.011→2.02 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	54	-
R_work	0.2071	-	-
obs	-	-	90.03 %

精密化 TLS

Origin x: -26.3176 Å / Origin y: 25.5362 Å / Origin z: -21.4427 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1106 Å²	-0.0009 Å²	-0.0312 Å²	-	-0.1118 Å²	-0.0426 Å²	-	-	-0.0809 Å²
L	0.9057 °²	0.0415 °²	-0.2019 °²	-	0.5165 °²	-0.1543 °²	-	-	0.734 °²
S	0.0201 Å °	-0.0057 Å °	-0.0404 Å °	-0.0057 Å °	-0.0386 Å °	0.0093 Å °	-0.0404 Å °	0.0093 Å °	0.0186 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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