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- PDB-6y4u: Crystal structure of p38 in complex with SR65 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y4u
タイトルCrystal structure of p38 in complex with SR65
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / MAPK14 / MAPK / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / bone development / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O98 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Roehm, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Selective targeting of the alpha C and DFG-out pocket in p38 MAPK.
著者: Rohm, S. / Schroder, M. / Dwyer, J.E. / Widdowson, C.S. / Chaikuad, A. / Berger, B.T. / Joerger, A.C. / Kramer, A. / Harbig, J. / Dauch, D. / Kudolo, M. / Laufer, S. / Bagley, M.C. / Knapp, S.
履歴
登録2020年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2166
ポリマ－41,3951
非ポリマー8215
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.019, 74.919, 77.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41395.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-O98 / 5-azanyl-~{N}-[[4-[[(2~{S})-4-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-(pentan-3-ylamino)butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-1-phenyl-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 572.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H44N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 17.5% PEG Smear Medium, 0.1M MES pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→77.799 Å / Num. all: 32347 / Num. obs: 32347 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 194008
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.9660.8720.92740945980.3870.9560.872296.9
1.96-2.086.10.481.62657443850.210.5250.483.697.1
2.08-2.226.10.2682.82507341270.1170.2930.2686.297.6
2.22-2.460.1574.72293938490.0690.1720.1579.697.7
2.4-2.635.90.1017.12136135980.0450.1110.10113.698.4
2.63-2.946.10.079.51992032550.030.0760.0719.498.3
2.94-3.46.10.05211.31778629060.0230.0570.05226.498.5
3.4-4.1660.044131496324990.0190.0480.04433.899.1
4.16-5.885.90.042141159519640.0190.0460.04235.699.3
5.88-77.7995.50.04311.1638811660.020.0470.04334.399.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lar

5lar


解像度: 1.86→53.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.619 / SU ML: 0.124 / SU R Cruickshank DPI: 0.1427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 1670 5.2 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1924 30628 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.68 Å2 / Biso mean: 51.936 Å2 / Biso min: 25.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å2-0 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→53.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 58 135 2909
Biso mean--47.45 51.02 -
残基数----341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9573891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93836308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5215349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4824.06133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60915479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4121518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02664
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 136 -
Rwork0.332 2153 -
all-2289 -
obs--96.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6493-0.76650.69711.7325-1.0031.04470.0587-0.3014-0.25350.07090.01110.1951-0.0507-0.0768-0.06970.0344-0.0060.01540.07230.00850.2521-1.7961.72617.354
22.80420.0859-0.13281.4606-0.16420.25690.08530.0485-0.0173-0.0397-0.2083-0.23870.00840.12850.1230.00690.0063-0.00590.09710.08280.2317.0485.43414.265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A202 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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