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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the single mutant I16K of Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase (LMW-PTP) | ||||||
![]() | Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Engineered | ||||||
機能・相同性 | ![]() acid phosphatase / acid phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Levy, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational and structure-guided design of phosphoinositide substrate specificity into the tyrosine specific LMW-PTP enzyme. 著者: Egbe, E. / Levy, C.W. / Tabernero, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17886.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P24666, protein-tyrosine-phosphatase, acid phosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5 Temp details: Cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→33.64 Å / Num. obs: 13623 / % possible obs: 94.05 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 1383 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XWW 解像度: 1.77→33.64 Å / SU ML: 0.2334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1508
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→33.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.8958308108 Å / Origin y: -0.924593738142 Å / Origin z: 17.2706834098 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |