PDB-6y2i: Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with N-(1H-i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y2i

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with N-(1H-indazol-5-yl)butane-1-sulfonamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / INHIBITOR / KASA / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / ACYLTRANSFERASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.533 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Exploring the SAR of the beta-Ketoacyl-ACP Synthase Inhibitor GSK3011724A and Optimization around a Genotoxic Metabolite.
著者: Cunningham, F. / Esquivias, J. / Fernandez-Menendez, R. / Perez, A. / Guardia, A. / Escribano, J. / Rivero, C. / Vimal, M. / Cacho, M. / de Dios-Anton, P. / Martinez-Martinez, M.S. / Jimenez, ...

履歴

登録	2020年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y2i.cif.gz	300.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y2i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y2jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgg-2 4c70-d 6p9m-1 5w2q-1 2bz3-1 4r43-d 6y2j-2 6y2j-3 6p9k-1 4c2j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (8) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

BBB: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

92.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.314, 75.314, 149.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1 分子量: 45400.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1

分子量: 45400.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 5種, 886分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-O6Z / ~{N}-(1~{H}-indazol-5-yl)butane-1-sulfonamide 分子量: 253.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% w/v PEG3350, 0.2M sodium citrate, 1.5mM TCEP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.8408
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.1592

反射

解像度: 1.53→74.61 Å / Num. obs: 141366 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

解像度: 1.53→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 22883 / CC_1/2: 0.882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.533→65.224 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 1.231 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.01 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1357	6954	4.921 %
R_work	0.1221	-	-
all	0.123	-	-
obs	-	141302	99.422 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.026 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.629 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.629 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.533→65.224 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6030	0	102	870	7002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.638	8844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.285	1.581	14082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.186	5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.805	21.079	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.291	15	991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.993	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	5673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.056	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.67	2.393	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.669	2.393	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.105	5.388	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.105	5.389	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.003	2.681	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.003	2.682	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.649	5.88	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.649	5.881	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.326	24.275	7239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.988	23.151	7037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.533-1.572	0.198	517	0.182	9913	X-RAY DIFFRACTION	99.0409
1.572-1.616	0.198	544	0.171	9621	X-RAY DIFFRACTION	99.8919
1.616-1.662	0.172	451	0.154	9529	X-RAY DIFFRACTION	99.8499
1.662-1.713	0.16	505	0.15	9177	X-RAY DIFFRACTION	99.835
1.713-1.77	0.164	467	0.145	8878	X-RAY DIFFRACTION	99.8078
1.77-1.832	0.169	437	0.14	8629	X-RAY DIFFRACTION	99.6154
1.832-1.901	0.159	436	0.136	8220	X-RAY DIFFRACTION	99.0049
1.901-1.978	0.145	349	0.129	8057	X-RAY DIFFRACTION	99.7035
1.978-2.066	0.135	405	0.118	7653	X-RAY DIFFRACTION	99.9628
2.066-2.167	0.133	362	0.116	7373	X-RAY DIFFRACTION	99.9096
2.167-2.284	0.131	344	0.112	7009	X-RAY DIFFRACTION	99.8235
2.284-2.422	0.118	342	0.112	6554	X-RAY DIFFRACTION	99.6532
2.422-2.589	0.119	355	0.113	6131	X-RAY DIFFRACTION	99.3414
2.589-2.796	0.136	314	0.117	5666	X-RAY DIFFRACTION	98.081
2.796-3.063	0.112	268	0.11	5249	X-RAY DIFFRACTION	99.5489
3.063-3.423	0.126	233	0.113	4824	X-RAY DIFFRACTION	99.0597
3.423-3.951	0.121	228	0.11	4151	X-RAY DIFFRACTION	98.5595
3.951-4.835	0.117	153	0.104	3501	X-RAY DIFFRACTION	97.6222
4.835-6.819	0.14	156	0.136	2715	X-RAY DIFFRACTION	98.0198
6.819-65.224	0.157	88	0.135	1498	X-RAY DIFFRACTION	98.5705

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0284	-0.0406	-0.046	0.0629	0.0796	0.2859	-0.0035	-0.0005	0.0017	0.0102	0.0046	0.005	-0.0064	-0.0164	-0.0011	0.0109	0.0094	0.006	0.0088	0.0034	0.0317	-26.19	19.1262	10.5642
2	0.089	-0.0173	-0.063	0.0715	0.0268	0.2428	0.0054	0.0063	0.0172	-0.0058	0.0017	-0.002	0.0331	0.0575	-0.0071	0.0086	0.0125	0.0051	0.03	0.0013	0.0223	-7.8417	9.6026	-11.0041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A*	4 - 416
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B*	4 - 416

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
非ポリマー , 5種, 886分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-非ポリマー , 5種, 886分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
非ポリマー , 5種, 886分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)