[日本語] English
万見
- PDB-6y0x: Fucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y0x
タイトルFucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin LecRSL from Ralstonia solanacearum at 2.4 Angstrom resolution
要素
  • (SB6) x 2
  • Fucose-binding lectin protein
キーワードANTIBIOTIC / Antimicrobial / Linear / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-LYSINE / Chem-ZDC / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Fucose-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.425 Å
データ登録者Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin LecRSL from Ralstonia solanacearum at 2.4 Angstrom resolution
著者: Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
履歴
登録2020年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
I: SB6
J: SB6
C: Fucose-binding lectin protein
K: SB6
L: SB6
D: Fucose-binding lectin protein
M: SB6
E: Fucose-binding lectin protein
O: SB6
F: Fucose-binding lectin protein
Q: SB6
R: SB6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,25427
ポリマ－70,63314
非ポリマー2,62113
水1,69394
1
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
I: SB6
J: SB6
C: Fucose-binding lectin protein
K: SB6
L: SB6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,70114
ポリマ－35,3187
非ポリマー1,3837
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Fucose-binding lectin protein
M: SB6
E: Fucose-binding lectin protein
O: SB6
F: Fucose-binding lectin protein
Q: SB6
R: SB6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,55313
ポリマ－35,3167
非ポリマー1,2376
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.510, 100.510, 271.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Q-201-

HOH

-
要素

-
Polypeptide(D) , 2種, 8分子 IKRJLMOQ

#2: Polypeptide(D) SB6


分子量: 1431.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fucosylated linear antimicrobial peptide SB6 incomplete
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: Polypeptide(D)
SB6


分子量: 1429.863 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fucosylated linear antimicrobial peptide SB6 incomplete
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 18分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9864.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#4: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 2種, 95分子

#5: 化合物 ChemComp-DLY / D-LYSINE / D-リシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 146.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000031 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000031 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.425→49.1 Å / Num. obs: 100762 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 62.286 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.382 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 2.39
反射 シェル解像度: 2.425→2.437 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 16188 / CC1/2: 0.39 / Rrim(I) all: 3.369 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.17 Å49.1 Å
Translation7.17 Å49.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIXv1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AJC

5ajc


解像度: 2.425→49.1 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 33.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 5064 5.04 %
Rwork0.2427 --
obs0.2446 100558 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.05 Å2 / Biso mean: 75.186 Å2 / Biso min: 25.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.425→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4619 0 180 94 4893
Biso mean--78.55 51.68 -
残基数----610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0456785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8172483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.425-2.45230.41661650.3701313296
2.4523-2.48120.41091630.35513125100
2.4812-2.51140.37091660.36173214100
2.5114-2.54320.40091690.33583177100
2.5432-2.57670.38961710.32813230100
2.5767-2.6120.34451670.33383149100
2.612-2.64930.37871670.31093219100
2.6493-2.68880.33911680.3143195100
2.6888-2.73080.35761660.36893169100
2.7308-2.77560.45551710.36043207100
2.7756-2.82350.43141690.35093157100
2.8235-2.87480.3811620.33483204100
2.8748-2.93010.37621710.29373158100
2.9301-2.98990.37741700.2763200100
2.9899-3.05490.3021710.25273206100
3.0549-3.12590.29781680.23193191100
3.1259-3.20410.25161680.22983174100
3.2041-3.29070.32191640.23223197100
3.2907-3.38750.2941720.20553172100
3.3875-3.49680.28411730.20453181100
3.4968-3.62180.30191670.20443204100
3.6218-3.76670.21551630.20223183100
3.7667-3.93810.25431720.19543194100
3.9381-4.14560.2661660.19553192100
4.1456-4.40520.22691710.21733185100
4.4052-4.74510.21221710.2093316899
4.7451-5.22210.20341710.22513165100
5.2221-5.97660.23911770.21183185100
5.9766-7.52560.25451740.2393189100
7.5256-49.10.271710.2816317299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2614-1.66251.18735.6557-5.65945.667-0.7484-0.1090.34710.4310.0847-1.485-0.3961-0.05220.5870.7917-0.0529-0.00280.7471-0.12110.5591-18.307341.6871-25.4027
23.87610.23490.56040.5645-0.25472.0607-0.4735-0.14210.15740.44010.5560.5314-0.4783-2.1318-0.03410.66390.0899-0.12461.4345-0.07640.4747-22.346835.9741-24.7953
37.50715.46684.4165.91364.93987.6217-0.2683-0.83510.5057-0.3414-0.43131.0359-0.3509-1.76930.67370.68660.0835-0.14091.1291-0.20030.6348-27.681739.1246-25.7062
45.30541.9155-2.58816.3079-1.09215.8331-0.42661.08440.6693-1.74530.55622.1933-0.6178-2.1976-0.22930.75220.2558-0.19631.3317-0.27340.9091-26.058847.4228-17.7757
55.2515-0.90781.22965.76561.25211.53690.1726-0.50920.24070.151-0.70470.24980.6032-0.32360.63670.736-0.1457-0.11120.9879-0.0450.5358-17.488434.686-15.861
66.3543.0891-0.64189.7290.60985.05580.1787-0.90570.50460.9983-0.20250.4763-0.4804-1.66550.01180.56750.1884-0.09511.234-0.15510.588-19.647342.7468-12.5964
74.6608-0.9307-1.08052.10113.89456.94440.0072-0.79180.98951.12340.12840.64290.4185-0.627-0.16960.63360.08980.02821.6692-0.22760.745-21.097741.9321-7.789
83.88211.92961.63542.66932.75816.3959-0.5051-0.78240.2776-0.24080.4731-0.3101-0.9458-1.0277-0.03370.49460.1326-0.00460.8253-0.17480.4528-9.614641.4485-13.7649
95.48081.9293-0.87154.8771-5.7947.1415-0.0951-0.7530.95291.07340.27880.6408-1.4453-0.57860.01430.84290.09260.05940.7173-0.27120.553-5.176346.7058-10.8958
105.61121.2413-4.68592.19620.70385.92660.0107-1.30660.0505-0.5809-0.15050.13910.756-0.23750.22670.60480.1429-0.00591.2406-0.01310.4665-6.492140.0613-4.498
115.1818-5.76010.43817.8892-1.2230.4026-0.0172-2.12382.2341-0.32360.4616-0.26560.7052-0.5658-0.34530.8638-0.0284-0.16010.5451-0.07720.63320.945150.4261-17.6351
124.79551.88940.33052.43692.08052.3094-0.1891-0.1917-0.28060.62860.19571.0477-0.84250.50470.06570.6837-0.03490.01840.74410.01750.4673-4.12534.0856-18.7847
134.51551.3958-0.42245.71780.34320.0413-0.4682-0.18760.2022-0.34210.235-0.37050.0260.30630.14960.71920.0204-0.05020.643-0.05030.41851.136540.8204-21.2052
144.6474.8484-4.17328.6967-4.68223.7605-0.44290.0574-0.3015-0.50360.3567-0.4617-0.316-0.58130.20260.41430.0307-0.03540.6372-0.10860.4545.415438.7964-21.968
155.5499-0.2787-2.56763.9757-4.22156.2175-0.1884-0.3590.3858-0.08750.60870.364-0.7124-0.788-0.36980.53760.0744-0.21170.59940.02940.5825-6.598341.2451-27.7094
162.85561.0584-1.6488.03982.1321.98340.03270.22780.2495-0.41330.0736-0.4075-0.18630.1128-0.12870.4858-0.0251-0.0750.566-0.00740.491-3.821737.7233-32.1788
172.4152-3.28222.675.9985-4.87124.0869-0.4345-0.3923-0.5490.20.34980.2322-0.47270.22770.26710.54710.0457-0.08030.6127-0.0140.60780.395133.2096-34.9622
186.3751-4.1008-3.95843.17882.82922.5994-1.6271-0.6831-0.07081.38870.74640.2115-2.7230.72270.95520.98110.1767-0.21950.63530.10770.7307-11.807245.146-39.1243
194.06240.43932.05850.41261.4865.2304-0.0853-0.19550.1017-0.62320.28270.6816-0.0348-0.7275-0.26410.44020.0678-0.03170.69320.06640.3826-14.386933.464-30.6311
205.1263-0.89932.52483.0653-0.57985.68390.37550.4657-0.1234-0.6404-0.4291.0081-0.4476-0.92340.02790.48640.1436-0.04530.7535-0.06510.442-19.093636.8827-36.8625
214.4144-4.7205-4.94257.06384.81336.82781.0078-0.4133-0.4646-1.1380.04240.53730.0602-0.7919-0.81220.6202-0.13710.00780.46680.0960.466915.75145.277610.7999
223.28460.5250.25556.8913-2.57141.91570.0625-1.0018-0.4250.34110.8086-0.7125-0.19940.7317-0.790.4331-0.1269-0.03460.6022-0.03440.426618.86239.418913.0068
235.4272-0.8840.57064.203-4.4364.64880.2164-0.34180.0619-0.31370.16970.2788-0.4329-0.6265-0.35850.5651-0.02970.04940.576-0.05830.356316.642840.166519.0521
247.3886-5.53897.47245.1905-5.57077.55380.4614-0.56010.7235-1.6547-0.4752-0.04290.1185-0.65390.04860.90650.10970.02010.5554-0.11010.429917.942253.428120.9831
252.7938-1.0581-0.48544.53073.88324.1435-0.091-0.44020.2277-0.31490.4004-0.1629-0.54090.4426-0.40350.6897-0.00980.01090.528-0.00970.341726.689248.746413.6118
264.4863.9027-2.51019.9421.99084.1261-0.01210.0298-0.1508-0.84970.3176-0.469-1.15511.0253-0.31870.4843-0.1288-0.07580.6732-0.02830.571130.460746.428321.3635
275.0228-3.23631.93776.42122.44374.4596-0.2224-1.59251.1617-0.4357-0.17771.5279-2.6982-0.37230.13660.875-0.12540.01150.4649-0.12630.855630.904159.984512.721
284.6164-3.5081-4.09498.23884.65225.69610.33430.0742-0.0739-1.1181-0.21640.4858-0.78430.0905-0.31420.6506-0.0308-0.01840.5557-0.00320.535422.840353.86146.2495
295.0847-2.92341.80073.1827-2.32216.46630.5730.08930.75610.0888-0.5273-0.5608-0.29210.3285-0.03890.6031-0.1253-0.0130.441-0.05750.453228.32656.51114.2448
305.4622-1.1624.56923.1545-1.78169.2383-0.401-0.06560.8409-0.18170.1278-0.5657-0.37460.18190.19940.6602-0.20370.00070.6226-0.0170.547734.761957.78284.0015
315.3535-5.4974-0.45886.69080.12755.61250.05270.38350.1610.1761-0.2751-0.151-0.0270.0880.23810.6327-0.055-0.040.4558-0.05670.429824.222452.2682-2.9132
324.145-0.1097-0.00182.0243-2.65533.41390.46480.54580.40340.0384-0.16830.0214-0.2933-0.1422-0.29060.80060.00980.00470.4675-0.03340.479921.26953.7568-6.5691
331.9530.9821-2.53524.9252-2.13274.09920.73750.12460.7123-0.526-0.12510.4098-0.13720.0605-0.5370.7886-0.01720.00370.66770.00110.519622.01453.728-11.6094
345.985-2.0833-0.47293.55341.93246.01750.42940.28350.1809-0.4108-0.174-0.0021-0.4786-0.8011-0.31210.46180.03460.04270.52020.02340.32613.547545.4999-4.1552
358.49312.8714-3.585.4065-3.18142.37380.7967-0.1736-0.62940.6595-0.7669-0.0152-0.5574-0.0873-0.08370.7414-0.0876-0.06950.6177-0.04430.453913.14141.2837-11.4127
368.90852.8051.45937.7383-6.47357.25720.10281.07960.66541.44050.030.8115-1.1351-1.2927-0.37360.68540.09080.04960.6852-0.17640.60892.638944.43112.468
378.3515-2.67925.14035.5163-5.02016.0514-0.9958-0.11890.23411.31580.4503-0.42330.1289-0.19220.65230.5003-0.07610.05850.50240.02580.332618.4537.54222.3651
381.0365-0.9050.53018.8010.620.4602-0.324-0.2811-0.5021-0.70310.44270.739-0.4567-0.0383-0.1450.59540.0042-0.09340.5731-0.02450.38512.970437.97534.2795
395.5413-0.5332.06817.4231-1.58432.1608-0.106-0.0090.2708-1.66990.08580.2817-1.2902-1.0321-0.02510.6166-0.1035-0.00830.743-0.11430.38037.514538.94667.5314
406.3911-3.6981-5.42783.10192.4475.5032-0.1563-0.2974-1.066-0.1446-0.43260.3824-0.2542-0.03840.35570.6038-0.0331-0.17190.7354-0.01190.61258.438831.3730.822
413.54972.5090.15552.5418-2.06776.16040.4156-1.94930.2812-1.39040.17590.3665-3.1972.1403-0.58780.7442-0.1620.05460.7963-0.06080.45648.963636.784715.5305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 22 )A11 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 38 )A23 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 46 )A39 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 47 through 57 )A47 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 58 through 76 )A58 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 77 through 89 )A77 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 22 )B1 - 22
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 31 )B23 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 41 )B32 - 41
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 42 through 46 )B42 - 46
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 47 through 57 )B47 - 57
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 58 through 76 )B58 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 77 through 89 )B77 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 11 through 31 )C11 - 31
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 32 through 41 )C32 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 42 through 46 )C42 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 47 through 67 )C47 - 67
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 68 through 89 )C68 - 89
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1 through 10 )D1 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 11 through 22 )D11 - 22
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 23 through 41 )D23 - 41
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 42 through 46 )D42 - 46
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 47 through 76 )D47 - 76
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 77 through 83 )D77 - 83
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 84 through 89 )D84 - 89
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 1 through 10 )E1 - 10
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 11 through 31 )E11 - 31
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 32 through 41 )E32 - 41
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 42 through 57 )E42 - 57
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 58 through 76 )E58 - 76
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 77 through 89 )E77 - 89
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 1 through 31 )F1 - 31
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 32 through 41 )F32 - 41
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 42 through 46 )F42 - 46
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 47 through 57 )F47 - 57
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 58 through 67 )F58 - 67
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 68 through 76 )F68 - 76
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 77 through 83 )F77 - 83
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 84 through 89 )F84 - 89

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る