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Yorodumi- PDB-6y0x: Fucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y0x | ||||||
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Title | Fucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin LecRSL from Ralstonia solanacearum at 2.4 Angstrom resolution | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIBIOTIC / Antimicrobial / Linear / Lectin | ||||||
Function / homology | Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / D-LYSINE / Chem-ZDC / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Fucose-binding lectin protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia solanacearum (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.425 Å | ||||||
Authors | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Fucosylated antimicrobial peptide SB6 in complex with the lectin LecRSL from Ralstonia solanacearum at 2.4 Angstrom resolution Authors: Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y0x.cif.gz | 265.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y0x.ent.gz | 221.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y0x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6y0x_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6y0x_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | 6y0x_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
Data in CIF | 6y0x_validation.cif.gz | 37.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ajcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Polypeptide(D) , 2 types, 8 molecules IKRJLMOQ
#2: Polypeptide(D) | Mass: 1431.855 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically Details: Fucosylated linear antimicrobial peptide SB6 incomplete Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Polypeptide(D) | Mass: 1429.863 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically Details: Fucosylated linear antimicrobial peptide SB6 incomplete Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Protein / Sugars , 2 types, 18 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 9864.758 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia solanacearum (bacteria) Gene: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0S4TLR1 #4: Sugar | ChemComp-ZDC / |
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-Non-polymers , 2 types, 95 molecules
#5: Chemical | ChemComp-DLY / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.81 Å3/Da / Density % sol: 74.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.000031 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2018 |
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000031 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.425→49.1 Å / Num. obs: 100762 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 62.286 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.382 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 2.39 |
Reflection shell | Resolution: 2.425→2.437 Å / Redundancy: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 16188 / CC1/2: 0.39 / Rrim(I) all: 3.369 / % possible all: 99.2 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AJC Resolution: 2.425→49.1 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / Phase error: 33.53
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.05 Å2 / Biso mean: 75.186 Å2 / Biso min: 25.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.425→49.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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