PDB-6y0r: Chitooligosaccharide oxidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0r

タイトル

Chitooligosaccharide oxidase

要素

Chitooligosaccharide oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavin-dependent / oxidase / oligosaccharides / covalent FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / FAD binding / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.611 Å

データ登録者

Savino, S. / Fraaije, M.W.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Analysis of the structure and substrate scope of chitooligosaccharide oxidase reveals high affinity for C2-modified glucosamines.
著者: Savino, S. / Jensen, S. / Terwisscha van Scheltinga, A. / Fraaije, M.W.

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0r.cif.gz	184.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zr6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rj8-d 4pvh-d 4pwc-d 4pvk-d 6eo4-2 1zr6-d 4pvj-d 4lcm-2 3tsj-1 4arv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: Chitooligosaccharide oxidase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.686, 74.247, 97.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chitooligosaccharide oxidase 分子量: 52668.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD 由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌) 遺伝子: chitO, FGRAMPH1_01T20975 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: I1S2K2, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.3 M Calcium Chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 34% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0098 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0098 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.611→48.626 Å / Num. obs: 67366 / % possible obs: 96.84 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.59
反射シェル	解像度: 1.611→1.668 Å / Num. unique obs: 5457 / CC_1/2: 0.698

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zr6

1zr6

解像度: 1.611→48.626 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	3243	4.814 %
R_work	0.1728	-	-
all	0.174	-	-
obs	-	67366	96.846 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.589 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.009 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.611→48.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3527	0	53	353	3933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.637	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.62	1.574	7648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.732	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.724	23.522	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.171	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	36.286	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.686	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.031	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.27	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.462	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.342	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.66	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.731	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.834	2.201	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.825	2.199	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.596	3.298	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.596	3.299	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.286	2.474	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.289	2.476	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.824	3.575	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.823	3.575	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.091	27.136	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.976	26.804	4241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.611-1.652	0.251	216	0.27	3665	X-RAY DIFFRACTION	76.488
1.652-1.698	0.263	206	0.238	4380	X-RAY DIFFRACTION	92.8904
1.698-1.747	0.231	233	0.218	4468	X-RAY DIFFRACTION	97.4502
1.747-1.801	0.244	205	0.201	4404	X-RAY DIFFRACTION	98.1683
1.801-1.86	0.238	239	0.189	4241	X-RAY DIFFRACTION	98.7654
1.86-1.925	0.217	187	0.184	4131	X-RAY DIFFRACTION	98.5845
1.925-1.997	0.216	206	0.169	3998	X-RAY DIFFRACTION	98.5236
1.997-2.079	0.229	177	0.173	3871	X-RAY DIFFRACTION	99.2157
2.079-2.171	0.204	208	0.17	3701	X-RAY DIFFRACTION	98.7371
2.171-2.277	0.222	163	0.163	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.4941
2.277-2.4	0.198	183	0.159	3373	X-RAY DIFFRACTION	98.9978
2.4-2.545	0.199	194	0.157	3197	X-RAY DIFFRACTION	99.1811
2.545-2.721	0.18	123	0.163	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.4652
2.721-2.938	0.194	108	0.167	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.534
2.938-3.218	0.217	135	0.178	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.4579
3.218-3.596	0.216	107	0.177	2418	X-RAY DIFFRACTION	99.7629
3.596-4.15	0.165	109	0.158	2102	X-RAY DIFFRACTION	99.6395
4.15-5.076	0.144	106	0.143	1808	X-RAY DIFFRACTION	99.2224
5.076-7.153	0.209	92	0.194	1413	X-RAY DIFFRACTION	99.7349
7.153-36.84	0.135	46	0.181	841	X-RAY DIFFRACTION	98.337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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