PDB-6y0n: Arginine hydroxylase VioC in complex with Arg, 2OG and Fe under a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0n

タイトル

Arginine hydroxylase VioC in complex with Arg, 2OG and Fe under anaerobic environment using FT-SSX methods

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron dependent oxygenase / penicillin biosynthesis / isopenicillin N

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine hydroxylase / 2-oxoglutarate, L-arginine oxygenase (succinate-forming) activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces vinaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Rabe, P. / Beale, J.H. / Lang, P.A. / Dirr, S.A. / Leissing, T.M. / Butryn, A. / Aller, P. / Kamps, J.J.A.G. / Axford, D. / McDonough, M.A. ...

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Anaerobic fixed-target serial crystallography.
著者: Rabe, P. / Beale, J.H. / Butryn, A. / Aller, P. / Dirr, A. / Lang, P.A. / Axford, D.N. / Carr, S.B. / Leissing, T.M. / McDonough, M.A. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / ...

履歴

登録	2020年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6y0oC 6y0qC 6y12C 6ypvC 2wboS 6alr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c91-7 2c91-5 2c91-9 6alo-d 5chu-2 1ke0-1 6f2b-2 2c91-3 5yle-d 3w8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.990, 66.578, 63.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.150, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent L-arginine hydroxylase / Viomycin biosynthesis protein C 分子量: 39481.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces vinaceus (バクテリア) 遺伝子: vioC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WZB0, L-arginine hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M MgCl2, 26% PEG 550, 0.1M HEPES

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データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→59.692 Å / Num. obs: 27964 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 86.89 % / B_iso Wilson estimate: 22.7279181976 Å² / CC_1/2: 0.944 / R split: 0.232 / Net I/σ(I): 28.79
反射シェル	解像度: 1.86→1.8921 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1398 / CC_1/2: 0.279 / R split: 0.82 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Collimation: KB mirrors / Source size: 49 µm²
Serial crystallography sample delivery	解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Anaerobic chipless chip / Sample holding: thin fim mylar sandwich

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHENIX	1.12_2829	精密化
DIALS	1.8	データ削減
DIALS	1.8	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WBO

2wbo

解像度: 1.86→59.69 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	1999	7.386 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.192	27066	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→59.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2465	0	23	151	2639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.612	3531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.9766514761	1536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.91	0.35	142	0.3	1775	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.91-1.96	0.31	143	0.27	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.29	141	0.25	1763	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.02-2.09	0.28	142	0.25	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.08-2.16	0.31	142	0.23	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.27	142	0.22	1767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.34	0.25	143	0.22	1786	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.34-2.47	0.27	141	0.2	1774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.62	0.25	144	0.19	1794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.82	0.25	142	0.2	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.11	0.23	144	0.19	1808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.19	144	0.16	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-4.48	0.17	143	0.14	1803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-59.69	0.2	146	0.16	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6030150399	1.31402299072	1.24614807995	5.72386356815	-1.83481574552	2.06806186486	-0.0549158540099	-0.0967921053844	-0.960413636573	0.155466052811	-0.0536662471874	0.357200530273	0.44433428862	-0.0511437960915	0.108324114819	0.209721343831	-0.0493611798999	-0.0741173412055	0.14299640329	0.0190907516542	0.127113540784	1.84347763311	-16.9558503211	14.581170314
2	7.20451968408	-1.44554054041	0.0210713903584	3.07519759531	-2.58330906295	8.83241406351	-0.0910581591734	0.473219760742	-0.0576207215403	0.0689896124299	0.0431397193247	-0.168480478141	0.00305041893419	0.521787163621	-0.00676803372877	0.283379012939	0.0253734242402	-0.0208586970653	0.184531750225	-0.0514598843493	0.222523591973	12.8793179851	-12.8620007627	3.14405022825
3	3.24011822198	-0.51073245853	2.04635395223	0.364046359322	-0.66104881425	2.39820884894	0.0944231314234	0.0301914224803	-0.0815348796824	0.0204285912293	0.0412569686479	0.00492996822528	0.162987060691	-0.0028184794531	-0.145606655316	0.192488756267	-0.00186452596859	-0.00795079245978	0.102455018276	0.000956763826711	0.1762374302	5.57768543339	-10.6968287849	15.1169660162
4	0.86302861534	-0.488241450967	-0.0420722945006	1.95036818616	-0.144706310625	2.04961566389	-0.0271270975331	-0.0691417959177	0.0140790657812	0.227914790456	0.0172654860764	-0.113941320562	-0.0640098425946	0.140642612696	0.0368702278237	0.184434731929	-0.0129630427586	-0.00936019668862	0.192141614059	0.0143068018093	0.200176368602	9.8271661675	2.45422921104	19.4266538132
5	5.72852302241	0.0574964038511	0.779753334819	6.04472729806	-0.732016272947	6.13915895196	0.0137726850516	0.124555644205	0.1542590062	-0.241509163069	-0.0768666849839	0.0363549196505	-0.126978887814	0.0888624904725	0.0384477508232	0.21974485692	0.0219847282356	0.0209856636629	0.130723638268	-0.0447108133619	0.120540947214	-6.60360460843	20.0501749216	14.6716231587
6	6.04619059514	4.68359210266	0.574401938937	7.16172633582	-2.74063665253	3.02084060313	-0.697867011618	0.136144823959	0.579419861216	-0.120080256428	-0.711109336119	-1.51351921099	0.0431071689877	0.407385310702	1.28136141169	0.568849499318	-0.0264418139244	0.106887778405	0.951936928208	-0.00354775456845	0.894515383204	19.3530750241	12.2625771582	15.1955545083
7	8.61341995066	4.41329550695	0.130361772562	7.85475014782	1.26117620108	5.74522745926	0.0109718031419	0.256554071473	0.474188132635	-0.171145363957	-0.134648181908	-0.0205090228858	-0.237371813614	0.227338225601	0.221140514676	0.243565848894	0.0580357708533	0.0189595860765	0.226459989977	0.0179953645727	0.213291912391	-4.09163218177	16.2236979472	9.71033615885
8	5.13373019393	1.20996715287	-0.712356422147	5.9047648979	0.851114939596	5.484610695	-0.026234876798	-0.0334915701381	0.316787932705	0.10710756004	-0.129788851744	-0.0557245636497	-0.531006371675	0.290113370572	0.142566909998	0.228946102068	-0.0296562311908	-0.00329544190409	0.179493522098	0.00870827550254	0.167739744022	-1.09393928357	20.4701910178	20.5433088587
9	3.69831545152	-1.35462286822	2.24863787015	2.3421113415	-0.591761894675	2.63252474728	-0.0920103662596	-0.223159823504	-0.0216248639235	0.180484461041	0.0197485257026	0.0987584838538	0.0296603766556	-0.1466050516	0.0330627847034	0.157613254202	-0.00514141795922	0.044021374792	0.151857518553	0.0267425745732	0.150606634367	4.41116702927	-2.06425001452	25.1524567784
10	1.29599847571	-0.976281457267	3.46220522046	2.93600603675	-3.40399004605	8.06118100449	-0.113212580996	0.299696719219	0.205068177858	-0.238446408301	-0.212985955039	-0.417909640517	-0.0394678992359	0.582214997986	0.37037694672	0.236546964555	0.0322382793463	0.056185415097	0.269104822199	0.00733845171176	0.249333114358	11.1974058494	1.40740632092	5.02596663953
11	4.79639087666	1.68804065407	2.90008443423	4.09228906489	2.21593449844	2.16066335268	0.598953938354	-0.470036306172	3.45461723765	-0.925216080903	-0.780302392467	-6.14127807953	1.3141490726	0.825738945603	0.032061750936	0.611974415169	0.450289375936	-0.0439089076399	0.888434990531	-0.406538912698	0.815172733595	9.97628281878	8.35866430932	20.8183020934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 127 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 223 through 248 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 249 through 265 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 266 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 330 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 331 through 356 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 1 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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