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- PDB-6y0f: Structure of human FAPalpha in complex with linagliptin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y0f
タイトルStructure of human FAPalpha in complex with linagliptin
要素Prolyl endopeptidase FAP
キーワードHYDROLASE / FAP inhibitor complex DPP4 linagliptin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of extracellular matrix organization / melanocyte proliferation / peptidase complex / melanocyte apoptotic process / regulation of collagen catabolic process / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / prolyl oligopeptidase / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of fibrinolysis ...negative regulation of extracellular matrix organization / melanocyte proliferation / peptidase complex / melanocyte apoptotic process / regulation of collagen catabolic process / negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / prolyl oligopeptidase / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of fibrinolysis / basal part of cell / dipeptidyl-peptidase activity / lamellipodium membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of execution phase of apoptosis / endothelial cell migration / serine-type peptidase activity / : / integrin binding / ruffle membrane / apical part of cell / peptidase activity / lamellipodium / protease binding / angiogenesis / endopeptidase activity / cell adhesion / regulation of cell cycle / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / : / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-356 / Prolyl endopeptidase FAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.924 Å
データ登録者Nar, H. / Schnapp, G. / Schreiner, P.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: A Single Second Shell Amino Acid Determines Affinity and Kinetics of Linagliptin Binding to Type 4 Dipeptidyl Peptidase and Fibroblast Activation Protein.
著者: Schnapp, G. / Hoevels, Y. / Bakker, R.A. / Schreiner, P. / Klein, T. / Nar, H.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32026年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase FAP
B: Prolyl endopeptidase FAP
C: Prolyl endopeptidase FAP
D: Prolyl endopeptidase FAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,54523
ポリマ－334,5174
非ポリマー7,02819
水00
1
A: Prolyl endopeptidase FAP
B: Prolyl endopeptidase FAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,94812
ポリマ－167,2582
非ポリマー3,69010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area59890 Å2
手法PISA
2
C: Prolyl endopeptidase FAP
D: Prolyl endopeptidase FAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,59711
ポリマ－167,2582
非ポリマー3,3389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area60300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.586, 253.604, 115.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Prolyl endopeptidase FAP / 170 kDa melanoma membrane-bound gelatinase / Dipeptidyl peptidase FAP / Fibroblast activation ...170 kDa melanoma membrane-bound gelatinase / Dipeptidyl peptidase FAP / Fibroblast activation protein alpha / FAPalpha / Gelatine degradation protease FAP / Integral membrane serine protease / Post-proline cleaving enzyme / Serine integral membrane protease / SIMP / Surface-expressed protease / Seprase


分子量: 83629.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAP
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q12884, prolyl oligopeptidase, dipeptidyl-peptidase IV, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#6: 化合物
ChemComp-356 / 8-[(3R)-3-Aminopiperidin-1-yl]-7-but-2-yn-1-yl-3-methyl-1-[(4-methylquinazolin-2-yl)methyl]-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-d ione / Linagliptin


分子量: 472.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

-
糖 , 4種, 15分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 / 詳細: 35% (v/v) PEG2000MME, 0.40 M lithium salt

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→48 Å / Num. obs: 81742 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.92→3.15 Å / Num. unique obs: 16579 / Rsym value: 0.447

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
BUSTER2.11.7 (17-DEC-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1z68

1z68


解像度: 2.924→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.368
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 656 0.8 %RANDOM
Rwork0.2075 ---
obs0.2078 81742 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.12 Å2 / Biso mean: 52.73 Å2 / Biso min: 25.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.214 Å20 Å2-2.916 Å2
2---13.4437 Å20 Å2
3---18.6577 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.924→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23602 0 475 0 24077
Biso mean--65.47 --
残基数----2882
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8378SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4140HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it24837HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3202SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17033SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d24837HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg33851HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.05
LS精密化 シェル解像度: 2.924→2.96 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 18 0.7 %
Rwork0.2809 2537 -
obs--97.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55350.10050.1321.0355-0.22182.8599-0.0562-0.17820.01870.1220.0137-0.0134-0.0588-0.00860.0425-0.10160.05520.0161-0.1831-0.0254-0.156240.7084-69.310193.8115
20.73020.1706-0.01531.2438-0.08162.3490.0180.08910.0909-0.13480.05090.0253-0.0937-0.1391-0.0689-0.1160.02810.0272-0.1875-0.022-0.144432.3522-57.373938.5426
30.67340.0739-0.11520.94290.16422.6124-0.0353-0.1299-0.01230.14230.01750.02620.02810.00280.0178-0.06850.03560.0519-0.1838-0.0124-0.1781-6.033911.8672111.7051
40.76180.0882-0.20211.45860.4092.2413-0.03590.1216-0.1147-0.19850.0299-0.0398-0.01790.0670.006-0.1294-0.00990.0529-0.18760.0057-0.14041.6386-0.005956.3318
50.0137-0.4992-0.05810.4988-0.00580.0644-0.0151-0.04880.0061-0.1151-0.0615-0.00570.0264-0.03190.07660.0309-0.07150.06320.0928-0.0931-0.00417.2365-28.664574.214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A37 - 757
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B39 - 757
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C36 - 757
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D38 - 757
5X-RAY DIFFRACTION5{ X|* }X1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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