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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xzl | |||||||||
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タイトル | Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8 mutant D96N D107N | |||||||||
要素 | Ultraviolet-B receptor UVR8 | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / UVB / photoreceptor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau, K. / Hothorn, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: A constitutively monomeric UVR8 photoreceptor confers enhanced UV-B photomorphogenesis. 著者: Podolec, R. / Lau, K. / Wagnon, T.B. / Hothorn, M. / Ulm, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xzl.cif.gz | 264.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xzl.ent.gz | 179.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xzl_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xzl_full_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xzl_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xzl_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40321.043 Da / 分子数: 1 / 変異: D96N D107N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UVR8, At5g63860, MGI19.7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9FN03 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Methylated protein. 0.1M TRIS 8.5, 0.1M NaCl, 30% PEG4000, 1.8mg/mL, 2:1, prot:buffer. 25% glycerol cryoprotectant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→47.16 Å / Num. obs: 67424 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.05 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.44 Å / Num. unique obs: 6711 / CC1/2: 0.599 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4D9S 解像度: 1.39→47.16 Å / SU ML: 0.1411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4821
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→47.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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