PDB-6xyf: Nanobody 22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xyf

タイトル

Nanobody 22

要素

Nanobody 22

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11097 Å

データ登録者

Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing
著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.

履歴

登録	2020年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xyf.cif.gz	96 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xyf.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xyf_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xyf_full_validation.pdf.gz	419 KB	表示
XML形式データ	6xyf_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	6xyf_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/6xyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/6xyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xymC 6xzfC 6y0eC 6y1rC 4i13S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u0q-1 5xj3-1 5tp3-1 3qxt-2 3qxv-3 5u65-1 4ipu-4 3qxv-4 6heq-d 3qxv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nanobody 22

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.322, 38.685, 44.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.271, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: 抗体	Nanobody 22 分子量: 14276.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis Tris Propane 100 mM Na/K Phosphate 30 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9484 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9484 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.11→30.01 Å / Num. obs: 39057 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 495655 / Scaling rejects: 668

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.11-1.13	6.5	0.299	1095	0.936	0.111	0.321	55.3
6.09-10	12.7	0.074	271	0.996	0.022	0.077	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16-3549	精密化
XDS	ERSION Mar 15, 2019	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4i13.pdb

4i13

解像度: 1.11097→30.0062 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1528	-	-
R_work	0.125	-	-
obs	-	36985	96.0455 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11097→30.0062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	934	0	1	143	1078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0892	1451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0868	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5247	655

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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