PDB-6xwy: Highly pH-resistant long stokes-shift, red fluorescent protein mC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xwy

タイトル

Highly pH-resistant long stokes-shift, red fluorescent protein mCRISPRed

要素

Red fluorescent protein eqFP611

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / pH resistant / long stokes shift / lss / red fluorescent protein

機能・相同性

Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / MALONIC ACID / Red fluorescent protein eqFP611

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Erdogan, M. / Fabritius, A. / Basquin, J. / Griesbeck, O.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Targeted In Situ Protein Diversification and Intra-organelle Validation in Mammalian Cells.
著者: Erdogan, M. / Fabritius, A. / Basquin, J. / Griesbeck, O.

履歴

登録	2020年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xwy.cif.gz	373.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xwy.ent.gz	307.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xwy_validation.pdf.gz	506.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xwy_full_validation.pdf.gz	525.3 KB	表示
XML形式データ	6xwy_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	6xwy_validation.cif.gz	59 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u0mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ls3-2 2gx2-12 1rmp-d 6y6l-1 5hzs-12 2z1o-4 5hzu-2 4tza-4 2z6y-1 1mov-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Red fluorescent protein eqFP611

B: Red fluorescent protein eqFP611

C: Red fluorescent protein eqFP611

D: Red fluorescent protein eqFP611

ヘテロ分子

99.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Red fluorescent protein eqFP611

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Red fluorescent protein eqFP611

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Red fluorescent protein eqFP611

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Red fluorescent protein eqFP611

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.020, 96.861, 232.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Red fluorescent protein eqFP611 / GFP-like chromoprotein 分子量: 24817.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ISF8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris pH 8.0 0.2 M Ammonium Sulfate 26 % PEG 8000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.43 Å / Num. obs: 202826 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.37
反射シェル	解像度: 1.75→1.812 Å / Num. unique obs: 10267 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U0M

3u0m

解像度: 1.75→48.43 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	10156	5.01 %
R_work	0.2034	-	-
obs	0.2048	202826	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6920	0	33	606	7559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.139	9571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.574	981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	996
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.4074	339	0.3774	6438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.3701	335	0.3532	6401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.3434	340	0.3171	6417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.3064	333	0.2905	6421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2991	342	0.2737	6452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2954	334	0.2648	6384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.274	342	0.2479	6478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2597	339	0.2442	6350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.268	347	0.2403	6498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2898	342	0.244	6403	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2996	335	0.2372	6397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2554	339	0.228	6416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2761	332	0.2254	6415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.2546	343	0.2147	6461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2645	337	0.2151	6383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2487	337	0.2188	6411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.2762	339	0.2121	6523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2739	334	0.211	6368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2512	339	0.2	6379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.2344	339	0.2029	6439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2299	346	0.2002	6410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.72	0.2383	338	0.2069	6429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.84	0.2169	336	0.1973	6401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.99	0.2301	347	0.2026	6452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.18	0.2282	340	0.2021	6451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.43	0.2324	331	0.1898	6365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.77	0.2119	334	0.1879	6456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.31	0.1984	341	0.1766	6405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-5.43	0.1937	339	0.1624	6428	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-48.43	0.1735	337	0.1886	6439	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0714	-0.2919	-0.1069	6.4952	5.0856	5.5509	0.1863	0.3204	-0.1655	0.0724	0.364	-0.8589	0.2239	0.1915	-0.5537	0.2034	0.0573	-0.0251	0.2968	-0.0862	0.3352	4.6518	-26.8732	12.2353
2	2.9188	2.6421	2.5756	5.5321	5.2584	3.9348	0.1503	0.0952	-0.2491	0.1664	-0.0547	-0.092	0.202	-0.0236	-0.2108	0.3393	0.0482	-0.0337	0.2495	-0.0532	0.1898	7.1263	-24.7541	18.3914
3	1.9706	0.2963	1.3213	2.2129	1.3998	2.0457	0.0842	0.1429	-0.2412	0.014	0.0075	-0.1209	0.0601	-0.039	-0.1011	0.2592	0.0362	-0.0078	0.2483	-0.0586	0.2518	-1.7525	-28.2269	13.4253
4	2.8125	-0.7778	-1.1092	3.4628	2.6986	5.4941	0.0107	-0.0325	0.0813	0.0671	0.0205	-0.1705	-0.0861	-0.0046	-0.0124	0.1653	0.0293	-0.0179	0.1715	-0.0344	0.1478	-1.915	-17.3005	17.7357
5	5.4252	-0.4354	4.8194	3.7055	0.9935	8.2925	0.1259	0.0636	-0.1322	0.0249	-0.0666	0.1764	0.1008	0.2216	0.0366	0.1418	0.0177	0.0434	0.1797	-0.0574	0.1711	-11.7443	-24.1659	19.0929
6	3.3974	-0.6959	4.0898	4.3864	-2.5311	8.582	0.1337	-0.4244	-0.0563	0.2709	0.2224	0.1748	-0.2014	-0.6953	-0.4842	0.1748	0.0099	0.0201	0.218	-0.0653	0.19	-12.5168	-22.5399	22.5444
7	5.4029	-0.1706	-3.274	2.2796	-0.2326	8.9856	-0.0937	0.0911	-0.048	-0.0648	0.0205	-0.2443	-0.0022	-0.7645	0.1364	0.2587	0.0221	-0.0069	0.184	-0.0411	0.1632	-11.1987	-19.325	16.682
8	3.9058	4.3045	0.186	6.5275	0.4828	0.0642	-0.446	1.6355	-0.2058	-1.4699	0.1179	-0.3569	-0.3701	-0.283	0.1207	0.5092	0.0982	-0.1019	0.7222	0.0233	0.294	-10.2999	-24.898	-3.6137
9	6.507	0.3169	5.215	1.9628	0.0312	5.5989	0.2154	-0.6888	-0.8292	0.3797	0.0665	-0.0789	0.2564	-0.5647	-0.2161	0.2378	0.0436	-0.0403	0.2625	0.0203	0.2793	-5.2755	-31.8266	21.8905
10	7.2259	4.8079	6.0802	6.1346	3.8982	7.8502	-0.1063	0.1436	0.0181	0.2268	0.0729	-0.1866	-0.0725	0.1938	0.1384	0.2512	0.0103	-0.0116	0.1526	-0.0116	0.2322	-1.9388	-31.1242	21.1842
11	3.089	1.0605	1.7572	7.9467	2.4979	2.9511	-0.2457	-0.1545	0.262	-0.4265	-0.1447	0.8869	-0.4556	-0.1321	0.3835	0.1542	0.0054	0.0368	0.2002	-0.0219	0.1558	-47.1242	-17.5198	36.4537
12	2.8758	0.078	0.3421	2.7762	1.1793	1.1144	-0.1025	-0.2566	0.0177	0.2035	0.0128	-0.0033	0.0072	-0.009	0.0919	0.2328	0.0222	-0.0446	0.1904	-0.0268	0.2062	-45.5651	-19.8433	40.8688
13	2.54	0.2859	-0.1431	8.7792	-0.6436	1.8626	-0.2738	0.0761	-0.2794	0.0087	0.1992	-0.0353	0.0223	-0.0787	0.1114	0.1709	0.0114	-0.0307	0.1899	-0.069	0.237	-43.3394	-29.7518	36.9424
14	5.8523	2.1486	0.0017	5.2426	0.2357	2.4631	-0.1778	-0.5084	0.0663	0.5754	0.1199	0.218	0.1341	-0.0165	0.0425	0.3411	0.1182	-0.0173	0.2463	-0.0103	0.217	-40.4807	-30.4547	48.8152
15	5.0509	4.7315	-3.5304	8.3383	-4.1845	3.506	-0.1605	-0.109	-0.2049	0.3579	0.1181	0.0527	0.0661	0.0086	0.0547	0.3167	0.0575	-0.0076	0.2453	-0.0098	0.254	-37.257	-30.6544	44.1503
16	4.2414	-0.0732	3.7917	0.9144	0.9464	4.4378	-0.8912	0.1855	1.4743	0.1739	0.6459	-0.6395	-1.0276	1.5197	0.8426	0.43	-0.0914	-0.2019	0.4695	-0.0172	0.6138	-25.8638	-13.4329	39.5291
17	5.5399	1.6914	5.4291	3.5895	1.2127	5.9481	-0.252	-1.3729	-1.0638	0.8914	0.2486	0.2038	0.255	-0.634	0.0744	0.3551	0.0554	0.0301	0.2567	-0.0578	0.2648	-48.4269	-23.0687	49.7563
18	9.6722	0.1145	6.5368	1.4667	1.2233	6.6139	0.0362	-0.1812	-0.3936	0.5708	0.1037	0.2293	0.5054	0.0572	-0.1763	0.3198	0.1015	-0.0249	0.2486	-0.0365	0.2411	-50.1767	-22.1483	46.8364
19	6.6143	1.0373	1.1011	2.0645	0.8275	1.2089	-0.5744	-0.1934	0.6722	-0.2427	0.0784	0.4166	-0.3045	-0.2513	0.4931	0.2334	0.0518	-0.0503	0.222	-0.0416	0.4612	-29.571	2.0981	22.7146
20	7.4795	3.3865	7.0416	4.3523	2.9942	8.3673	0.1917	-0.3608	0.4511	-0.1823	-0.4087	0.2452	0.1211	-0.3771	0.1869	0.2184	0.0139	-0.0545	0.1634	-0.0518	0.4406	-25.0591	7.3021	23.4349
21	2.8472	0.3585	0.9349	3.0565	1.3318	0.8853	-0.003	0.1594	0.2435	-0.2162	-0.1255	0.2428	-0.1055	-0.0821	0.1574	0.2404	0.0189	-0.0401	0.207	-0.0061	0.301	-28.1796	-0.5376	16.7498
22	3.3949	1.1363	-4.437	3.2552	-0.2297	5.897	-0.0446	0.0854	0.1587	0.0138	-0.0085	-0.1981	-0.0193	0.0712	-0.0366	0.1702	0.0167	-0.0347	0.1434	-0.0259	0.2827	-18.4544	-4.7363	20.1781
23	3.4209	1.2749	0.4151	2.5504	0.7241	1.759	0.0131	0.1285	0.4821	-0.1544	-0.0169	-0.0957	-0.0878	0.0606	-0.0351	0.183	0.0542	-0.0298	0.1496	0.0213	0.3538	-17.3704	-0.2698	16.2905
24	7.5126	5.1986	-2.7076	4.2852	-4.0369	6.9929	0.1735	0.5263	0.9859	-0.5623	0.0171	1.0498	-0.0578	0.1831	-0.2178	0.2174	0.04	0.055	0.2849	0.061	0.3395	-15.5449	-2.149	8.2026
25	5.6774	6.3503	-6.1443	7.4764	-6.4279	8.284	-0.1024	0.5471	0.1985	-0.141	0.1596	-0.2942	-0.0493	-0.0904	0.0745	0.2108	0.0533	-0.0133	0.2665	0.0183	0.3564	-16.7545	-6.6632	13.1511
26	2.2297	-0.4943	-0.052	4.6496	1.5478	2.3624	0.0562	0.1445	0.2843	-0.3846	-0.2571	0.3149	-0.032	-0.1502	0.2036	0.1554	0.0256	-0.0803	0.2409	-0.0276	0.3417	-27.5103	-1.0881	12.7669
27	3.3278	0.4149	2.4766	2.0108	1.9856	4.0894	0.108	0.0153	-0.276	0.2174	0.2659	-0.1619	0.2298	0.393	-0.3671	0.265	0.0713	-0.0638	0.2691	-0.0456	0.233	-21.9366	-54.3327	39.8391
28	2.8113	0.3036	1.1708	3.1057	0.6386	2.6516	-0.0579	-0.2684	0.0123	0.1616	0.1047	-0.0755	0.0775	-0.0668	-0.0217	0.203	0.0723	-0.0336	0.2167	-0.0598	0.1671	-26.4264	-46.4366	42.7435
29	2.2659	-0.0396	1.7429	5.1819	5.7786	6.8989	0.0221	0.0847	0.0898	0.206	0.3277	-0.4538	0.3221	0.2561	-0.393	0.3048	-0.0565	-0.0799	0.2539	-0.0125	0.2217	-22.1867	-39.335	36.5999
30	3.5719	-0.4073	-1.2796	3.5125	2.7315	4.1901	-0.4121	0.3801	0.1749	-0.4214	-0.1504	-0.0594	-0.1346	-0.471	0.5732	0.3909	-0.0361	-0.0622	0.324	-0.0181	0.2053	-23.3726	-38.7266	32.8003
31	1.9924	1.0443	1.1489	3.9191	-1.6375	1.9936	-0.0211	0.0017	0.4351	0.0419	0.6784	0.0294	-0.4212	0.137	-0.6866	0.2089	0.0571	-0.0533	0.3236	-0.0807	0.3419	-27.2573	-39.1743	38.5263
32	6.7291	6.8411	-1.7609	9.9524	-2.1663	0.6308	0.1317	-1.4193	0.6366	1.5259	0.0951	0.4295	-0.1429	0.0285	-0.1014	0.4937	0.1516	0.0127	0.7313	-0.1405	0.3517	-23.0995	-39.0334	59.0539
33	3.8453	1.7471	1.533	1.832	2.0922	7.7096	0.0844	0.4546	-0.2058	-0.1464	0.2895	-0.5192	-0.1546	0.6324	-0.3693	0.2313	0.0284	-0.0802	0.3006	-0.049	0.2261	-15.1052	-46.5747	35.0807
34	6.5084	4.7569	5.5762	7.083	6.397	7.5446	-0.1681	0.556	-0.3362	-0.0345	0.5936	-0.3357	-0.1686	0.7199	-0.2983	0.2428	0.0237	-0.055	0.3898	-0.1042	0.3004	-16.245	-49.9148	35.9813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 133 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 168 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 192 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 205 through 220 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 20 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 21 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 87 through 133 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 134 through 167 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 168 through 179 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 180 through 191 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 192 through 204 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 205 through 220 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 3 through 20 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 21 through 32 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 33 through 86 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 87 through 110 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 111 through 151 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 152 through 167 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 168 through 179 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 180 through 220 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 3 through 68 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 69 through 133 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 134 through 151 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 152 through 167 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 168 through 179 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 180 through 191 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 192 through 204 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 205 through 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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