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- PDB-6xt1: The structure of the M60 catalytic domain from Clostridium perfri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xt1
タイトルThe structure of the M60 catalytic domain from Clostridium perfringens ZmpC in complex the sialyl T antigen
要素ZmpC Glycopeptidase
キーワードHYDROLASE / glycopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain ...Glycosyl hydrolase family 98, putative carbohydrate-binding module / NPCBM domain superfamily / NPCBM/NEW2 domain / NPCBM / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / F5/8 type C domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Canadian Glycomics Network (GLYCONET) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Molecular insights into architecturally complex glycopeptidases
著者: Pluvinage, B. / Ficko-Blean, E. / Noach, I. / Stuart, C. / Thompson, N. / McClure, H. / Buenbrazo, N. / Wakarchuck, W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZmpC Glycopeptidase
B: ZmpC Glycopeptidase
C: ZmpC Glycopeptidase
D: ZmpC Glycopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,76828
ポリマ－240,9544
非ポリマー2,81424
水9,278515
1
A: ZmpC Glycopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2086
ポリマ－60,2381
非ポリマー9695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22320 Å2
手法PISA
2
B: ZmpC Glycopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3328
ポリマ－60,2381
非ポリマー1,0937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
3
C: ZmpC Glycopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6768
ポリマ－60,2381
非ポリマー4387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
4
D: ZmpC Glycopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5526
ポリマ－60,2381
非ポリマー3145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.615, 100.930, 119.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質
ZmpC Glycopeptidase / F5/8 type C domain-containing protein


分子量: 60238.398 Da / 分子数: 4 / 断片: M60 catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CP4_3468 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8UNJ8
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 537分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 7.6% Tascimate, 19% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→40 Å / Num. obs: 89691 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4505 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.317 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XSZ

6xsz


解像度: 2.49→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 11.328 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.628 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 4404 5.1 %RANDOM
Rwork0.2345 ---
obs0.2368 82709 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.49 Å2 / Biso mean: 41.615 Å2 / Biso min: 20.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20.06 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16106 0 172 515 16793
Biso mean--59.64 37.07 -
残基数----2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01216628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7021.64422544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15752038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03424.455909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.602152721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2981561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212878
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 298 -
Rwork0.313 6018 -
all-6316 -
obs--94.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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