PDB-6xs4: Crystal structure of glycyl radical enzyme ECL_02896 from Enterob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xs4

タイトル

Crystal structure of glycyl radical enzyme ECL_02896 from Enterobacter cloacae subsp. cloacae

要素

Formate C-acetyltransferase

キーワード

LYASE / Glycyl radical enzyme / probable dehydratase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Valleau, D. / Evdokimova, E. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of glycyl radical enzyme ECL_02896 from Enterobacter cloacae subsp. cloacae.
著者: Valleau, D. / Evdokimova, E. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xs4.cif.gz	706.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xs4.ent.gz	521 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xs4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xs4_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xs4_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	6xs4_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	6xs4_validation.cif.gz	85.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xs4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mtjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fau-2 1r9d-d 1r8w-d 5a0u-2 4mtj-d 5a0u-3 6nd3-1 5fau-1 6nd3-2 5a0u-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96660

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate C-acetyltransferase

B: Formate C-acetyltransferase

ヘテロ分子

181 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Glycyl radical enyzmes of this variety have been generally characterized as homodimers.

単位格子

Length a, b, c (Å)	283.101, 60.974, 118.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.653, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1253- HOH

#1: タンパク質	Formate C-acetyltransferase 分子量: 90302.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア) 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_02896 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3CPF7
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1M Succinic Acid pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→39.7241 Å / Num. obs: 78987 / % possible obs: 95.37 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 39 Å² / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.25
反射シェル	解像度: 2.34→2.38 Å / Num. unique obs: 3022 / CC_1/2: 0.943 / R_pim(I) all: 0.192

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MTJ

4mtj

解像度: 2.33→39.72 Å / SU ML: 0.2506 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.3435
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	1996	2.53 %
R_work	0.1794	76823	-
obs	0.18	78819	95.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→39.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12682	0	23	722	13427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	12960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.564	17557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423	1950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	2294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1887	4778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.39	0.3276	99	0.2812	3811	X-RAY DIFFRACTION	67.33
2.39-2.46	0.3203	127	0.274	4879	X-RAY DIFFRACTION	85.28
2.46-2.53	0.2644	145	0.2594	5530	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.53-2.61	0.2477	146	0.2449	5620	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.61-2.7	0.272	148	0.2279	5674	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.7-2.81	0.2567	146	0.2213	5632	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.81-2.94	0.2613	144	0.2221	5550	X-RAY DIFFRACTION	96.71
2.94-3.1	0.2493	148	0.2096	5703	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.1-3.29	0.2435	148	0.2008	5683	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.29-3.54	0.1892	147	0.1857	5707	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.54-3.9	0.2008	145	0.1615	5607	X-RAY DIFFRACTION	97.01
3.9-4.46	0.146	150	0.1384	5764	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.46-5.62	0.1551	150	0.1443	5794	X-RAY DIFFRACTION	98.92
5.62-39.72	0.178	153	0.145	5869	X-RAY DIFFRACTION	98.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.74437150606	6.96605854754	-4.31254605367	8.58391695519	-4.50408821568	5.91951182581	1.62481657336	-2.33698850836	-1.09676665432	2.27903848962	-1.48240182184	-0.799134696213	-0.226124634364	0.0153259887141	-0.159653594316	1.06344263393	0.137180300384	-0.113665668152	0.994042615642	0.161162455452	0.573620047707	118.493734696	4.91902358765	53.3800259418
2	4.50682945932	0.199071551274	2.45395936434	4.88788985319	-2.83545503201	3.1638349006	-0.165249288971	-0.0656337529044	0.559176841089	0.367303047094	-0.222527414787	-0.692613907753	-1.5181314501	0.795437925985	0.402276522957	0.66442480128	-0.0777310923372	-0.0139269287017	0.439906097981	-0.0579573519875	0.575571340796	117.096573327	43.897264377	31.7649489884
3	3.13789757968	-1.35469240168	0.532270705554	1.74832456927	-1.77314860482	2.43828598357	0.128215728882	-0.0194425869018	0.0821499032302	0.0314976118951	-0.051005398265	0.0555404267479	-0.203344713068	0.0132184477348	-0.0742338670195	0.413735272182	-0.045190122025	0.0168937799686	0.307096601328	-0.0263702037924	0.2463944869	102.380995921	29.4953335328	25.4288569581
4	1.52452585086	-0.640158104465	0.542727188927	1.23192447865	-0.0804582021167	2.88896199616	0.0506550551683	0.0194665679432	-0.0897029529199	-0.0713198163049	0.0944297581773	-0.251076946521	0.503875060224	0.819141297997	-0.162410482363	0.564351558868	0.172353115811	0.033170167916	0.498393009631	-0.0536225614485	0.362052422718	121.234477133	14.8756661446	23.3222546147
5	3.18857775528	-2.68492792962	-3.88398463295	4.16790013669	2.71508077535	4.89049976398	-0.832879149928	-0.494665121564	-0.429320214123	1.19681389255	0.479739951442	-0.666328840179	1.98839962244	1.4600514207	0.334710380766	1.1124086149	0.418835098881	0.0204577171009	0.820236076747	0.14325635411	0.751676031255	125.41498127	-2.19402627538	38.5186345959
6	1.52894899289	-0.261273798082	0.394236729108	2.52413598462	-1.34400807	2.66698844654	-0.0277668584449	-0.187111076108	-0.232132766116	0.314116769937	0.127041025474	-0.0223019800395	0.656988600848	0.212995381784	-0.103833819418	0.695436113379	0.130463843526	0.00750294421284	0.49885095067	-0.0123711499833	0.332786152639	110.165503682	11.3400100493	41.9241123626
7	8.08718864474	1.81713001071	4.83840714209	2.39577140962	0.998997670109	5.35115834619	0.148508988719	-0.469547260805	-0.489382620077	0.0870577789991	0.108557742402	-0.0266409019432	0.891446504733	-0.319353042313	-0.29735516875	0.804970675424	-0.0169929989858	0.0457499881578	0.31584881075	0.0374220326018	0.344880361016	97.7970015152	7.77202032652	37.6487261208
8	1.35831073342	-0.156549162292	-0.308983468767	0.654403103615	-0.0375127999422	2.47923684042	-0.0661408584649	-0.267368401025	-0.0686001421124	0.14745926622	0.0985310890574	0.121801894006	0.137621885023	-0.257876397727	-0.0303434657505	0.516669206115	-0.0252440310602	0.0538479509187	0.328615194699	0.0234300013338	0.27387249193	87.3827610517	28.34099005	35.1345038014
9	6.00772274507	0.119256982697	-4.50480202722	1.47115255005	-3.08834859688	9.49701311162	-0.116634882374	-1.09982590347	0.40661082803	0.664892318981	0.435727221213	0.149984331925	-0.923005326318	-0.308559417572	-0.324028480352	0.943984793088	0.0286856931559	0.122202142063	1.01915612651	-0.0850218602392	0.36210356951	80.9307456813	38.105970139	62.0185188848
10	0.882094731654	-0.0420284982392	-0.0134388151544	0.604276462869	-0.0181761093283	1.86312837318	-0.021517267737	-0.492102165094	-0.0981916780159	0.208736990275	0.0657502785869	-0.0216986351867	0.366768901099	-0.11176245694	-0.0523364213112	0.683918246451	0.0528347437359	0.0497333439622	0.516058939935	0.0355087878016	0.335942413358	94.8057009489	20.8530009882	48.8238363047
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 104:128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 129:182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 183:298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 299:311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 312:404
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 405:432
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 433:597
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 598:614
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 615:810
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 1:106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 107:123
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 124:247
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 412:605
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 606:615
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 616:728
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 729:739
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain B and resid 780:802

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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