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- PDB-6xp8: The crystal structure of TfuA involved in peptide backbone thioam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xp8
タイトルThe crystal structure of TfuA involved in peptide backbone thioamidation from Methanosarcina acetivorans
要素TfuA domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / YcaO / TfuA / thioamidation
機能・相同性TfuA-like, core / TfuA-like protein / TfuA domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dong, S.-H. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Functional elucidation of TfuA in peptide backbone thioamidation.
著者: Liu, A. / Si, Y. / Dong, S.H. / Mahanta, N. / Penkala, H.N. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TfuA domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8871
ポリマ－23,8871
非ポリマー00
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.475, 36.837, 59.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21A-533-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TfuA domain-containing protein


分子量: 23887.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TUA9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic/citric acid pH 5.5 and 40% (v/v) PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25 Å / Num. obs: 23292 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.65→10 Å / Num. unique obs: 22138 / CC1/2: 0.787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.557 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 1144 4.9 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1978 22138 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.65 Å2 / Biso mean: 22.01 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0.73 Å2
2---0.2 Å2-0 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1681 0 0 238 1919
Biso mean---31.42 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9772305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.075216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55824.53375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07315310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3541511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211266
LS精密化 シェル解像度: 1.652→1.695 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 84 -
Rwork0.2 1606 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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