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万見
- PDB-6xom: DCN1 bound to 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xom
タイトルDCN1 bound to 8
要素Lysozyme, DCN1-like protein 1 chimera
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / Inhibitor / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 ...Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H8V / Endolysin / DCN1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selective inhibition of cullin 3 neddylation through covalent targeting DCN1 protects mice from acetaminophen-induced liver toxicity.
著者: Zhou, H. / Lu, J. / Chinnaswamy, K. / Stuckey, J.A. / Liu, L. / McEachern, D. / Yang, C.Y. / Bernard, D. / Shen, H. / Rui, L. / Sun, Y. / Wang, S.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme, DCN1-like protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0233
ポリマ－44,3471
非ポリマー6762
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Mass Spectometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.721, 86.698, 126.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme, DCN1-like protein 1 chimera / Endolysin / Lysis protein / Muramidase / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin ...Endolysin / Lysis protein / Muramidase / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene


分子量: 44347.434 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A,D127A,A146T,R154A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, DCUN1D1, DCN1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: Q96GG9, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-H8V / (2R)-N-[(2S)-2-cyclohexyl-2-({N-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alanyl}amino)ethyl]-2-methyl-4-(morpholin-4-yl)butanamide


分子量: 613.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H51N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28 - 33% PEG 3350, 200 mM ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22472 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 27.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 159935
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.146.30.56510840.8720.2450.6170.796100
2.14-2.186.70.48610940.8920.2010.5270.826100
2.18-2.227.30.42511140.9430.1680.4570.862100
2.22-2.267.30.38311060.9440.1510.4120.938100
2.26-2.317.30.30810650.960.1220.3310.948100
2.31-2.377.40.28211080.9640.1120.3040.96100
2.37-2.427.30.22811430.9710.0910.2460.998100
2.42-2.497.30.19410770.9820.0770.2090.999100
2.49-2.567.30.16811220.9840.0670.1811.04100
2.56-2.657.30.14511000.9880.0580.1561.032100
2.65-2.747.30.12611100.990.050.1361.121100
2.74-2.857.30.10811260.9940.0430.1171.191100
2.85-2.987.30.09211040.9940.0370.0991.283100
2.98-3.147.20.07811270.9950.0310.0841.239100
3.14-3.337.20.06311470.9960.0260.0681.102100
3.33-3.597.20.05311090.9980.0210.0570.974100
3.59-3.957.10.05211400.9970.0210.0561.129100
3.95-4.526.90.04311540.9980.0180.0470.971100
4.52-5.770.03111830.9990.0120.0330.488100
5.7-506.30.02712590.9980.0120.030.35899.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V83

5v83


解像度: 2.1→37.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1108 4.95 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 22377 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.67 Å2 / Biso mean: 31.47 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4203 Å20 Å20 Å2
2---0.3493 Å20 Å2
3----2.071 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 97 239 3173
Biso mean--35.89 35.35 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1069SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes521HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3010HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion380SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3708SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3010HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4117HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.39
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3101 29 6.47 %
Rwork0.1977 419 -
all0.2046 448 -
obs--84.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5266-1.3247-1.28082.76961.87422.08760.3522-0.08350.0443-0.4743-0.1526-0.1147-0.48220.1236-0.19960.0745-0.0733-0.0197-0.1201-0.0032-0.1567-5.01389.97636.6242
21.42440.6440.7911.96981.03131.68120.0314-0.01320.05140.0461-0.02640.08080.09640.0038-0.005-0.08350.08420.019-0.03580.0401-0.08736.21217.896539.2948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|-6 - 1063}A-6 - 1063
2X-RAY DIFFRACTION2{A|1064 - 1251}A1064 - 1251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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